Rebuild ranksParents from a pinned ncbi-taxon-db release

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#282 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
48/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

Start with inst/scripts/sysdata.R and inspect how ranksParents is built from sheet taxids; compare its coverage with the taxids in the sheets and sources/manifest.tsv. The issue describes missing Rank and parent values in physiologies() for newly added RefSeq species. Choose whether to pin a dated ncbi-taxon-db release with taxoniq or compute ranks at read time, then record the release tag in the script and NEWS if using the pinned database.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

ranksParents in R/sysdata.rda supplies Rank and Parent_NCBI_ID to every row that comes without them, which now means every programmatic source under sources/. It holds 16,927 taxids, built by inst/scripts/sysdata.R with taxizedb from the sheet ids of the day, so the 77,673 RefSeq species added in waldronlab/bugphyzzExports#81 get NA Rank and no parent in physiologies(). The export does not depend on it (taxPPro re-ranks with taxizedb), so this is about physiologies() output and strain-to-species propagation for sources.

Proposal: rebuild ranksParents with taxoniq and a dated ncbi-taxon-db release, covering every taxid in the sheets and in sources/manifest.tsv, and record the release tag in the script and NEWS. Alternatively drop the static table and compute Rank and parent at read time, which removes the need to rebuild it whenever a source grows.

Related: https://github.com/waldronlab/taxPPro/issues/15 (the export-side lookup).

Drafted with Claude Code.

Ngôn ngữ chính
R
Star
6
Fork
6
Merge trung bình
2 giờ 54 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
19

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của waldronlab/bugphyzz

Tất cả issue của waldronlab/bugphyzz

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.