Chủ sở hữu
broadinstitute
Đã lập chỉ mục 86 kho mã nguồn · Xem trên GitHub
-
gatk
Official code repository for GATK versions 4 and up
Java · 2002 star
-
cromwell
Scientific workflow engine designed for simplicity & scalability. Trivially transition between one off use cases to massive scale product...
Scala · 1082 star
-
picard
A set of command line tools (in Java) for manipulating high-throughput sequencing (HTS) data and formats such as SAM/BAM/CRAM and VCF.
Java · 1079 star
-
CellBender
CellBender is a software package for eliminating technical artifacts from high-throughput single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data.
Python · 423 star
-
ABC-Enhancer-Gene-Prediction
Cell type specific enhancer-gene predictions using ABC model (Fulco, Nasser et al, Nature Genetics 2019)
Python · 271 star
-
warp
Warp Analysis Research Pipelines
Jupyter Notebook · 231 star
-
seqr
web-based analysis tool for rare disease genomics
Python · 219 star
-
gatk-sv
A structural variation pipeline for short-read sequencing
Python · 208 star
-
viral-ngs
viral-ngs: command line tools and wrappers for processing raw viral genomic data
Python · 197 star
-
Python · 181 star
-
long-read-pipelines
Long read production pipelines
Jupyter Notebook · 152 star
-
cellpainting-gallery
Cell Painting Gallery
140 star
-
Drop-seq
Java tools for analyzing Drop-seq data
Jupyter Notebook · 136 star
-
gnomad_methods
Hail helper functions for the gnomAD project and Translational Genomics Group
Python · 102 star
-
gnomad-browser
Explore gnomAD datasets on the web
TypeScript · 91 star
-
viral-pipelines
viral-ngs: complete pipelines
WDL · 76 star
-
Jupyter Notebook · 70 star
-
pyqtl
Collection of analysis tools for quantitative trait loci
Python · 66 star
-
celldega
Spatial and multiomic visualization and analysis library
Jupyter Notebook · 60 star
-
delphy
Fast, scalable, accurate and accessible Bayesian phylogenetics
C++ · 56 star
- Còn 66 kho mã nguồn nữa trên Xem trên GitHub
Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày
-
bug
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
broadinstitute/seqr#5602 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
broadinstitute/Drop-seq#583 · 5 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
broadinstitute/picard#2060 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 78/100
broadinstitute/protigy-v2#106 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
broadinstitute/pysceptre#2 · 1 bình luận ·
-
feature request
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
broadinstitute/seqr#5597 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
broadinstitute/gatk-sv#965 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
-
`gsutil` scheduled for removalĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
broadinstitute/cromwell#7904 ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
broadinstitute/EmmaEmb#21 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
broadinstitute/exome-results-browsers#242 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Automate docker build.Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#230 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#229 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Running ABC without ATAC/DHSĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
broadinstitute/ABC-Enhancer-Gene-Prediction#281 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
broadinstitute/exome-results-browsers#223 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
broadinstitute/exome-results-browsers#222 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Reduce maintenance burdenĐang mởEpic
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
broadinstitute/exome-results-browsers#217 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
good first issue
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
broadinstitute/gnomad-browser#1955 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 86/100
broadinstitute/CellBender#478 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
broadinstitute/seqr#5570 · 1 bình luận · 1 reaction ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
broadinstitute/warp#1952 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
broadinstitute/gnomad-browser#1943 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Standalone modeĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
broadinstitute/genomeshader#59 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
enhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
broadinstitute/cellpainting-gallery#183 · 1 bình luận ·
-
Decompose larger parquet goals into smaller itemsCó thể làm lại được @bpblanken đã nhận 28 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
broadinstitute/gnomad-browser#1942 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Determine LLM policies for parquet projectCó thể làm lại được @rileyhgrant đã nhận 28 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
broadinstitute/gnomad-browser#1941 · 4 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Determine project management approachCó thể làm lại được @rileyhgrant đã nhận 28 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
broadinstitute/gnomad-browser#1940 · 4 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Plan gnomAD ParquetCó thể làm lại được @rileyhgrant đã nhận 28 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
broadinstitute/gnomad-browser#1939 · 4 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Triage: Dev Triage: PM
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
broadinstitute/gnomad-browser#1938 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Mockup new gnomAD feature pageĐang mởTriage: PM
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 64/100
broadinstitute/gnomad-browser#1937 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Update constraint metrics to gnomADv4Có thể làm lại được @hanars đã nhận 29 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởfeature request
broadinstitute/seqr#5563 · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
broadinstitute/genomeshader#58 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Problem with non-human genomesĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
broadinstitute/BE3D#24 · 1 bình luận ·
-
Funcotator mis-classifies stop-retained indels as FRAME_SHIFT_* (should be SILENT / stop-retained)Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
broadinstitute/gatk#9417 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
better handle nodes from OBCI.nodes.csvCó thể làm lại được @vdancik đã nhận 41 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởenhancement
broadinstitute/dig-knowledge-graph#3 · 1 người được giao ·
-
better handle nodes from NCIT.nodes.csvCó thể làm lại được @vdancik đã nhận 41 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởenhancement
broadinstitute/dig-knowledge-graph#2 · 1 người được giao ·
-
Add miseĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100
broadinstitute/celldega#332 · 2 bình luận · 1 reaction ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 58/100
broadinstitute/gatk-sv#956 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 72/100
broadinstitute/CellBender#474 ·
-
перестал работать WARPĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 10/100
broadinstitute/warp#1927 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
-
enhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
broadinstitute/viral-references#38 · 3 bình luận ·
-
better mapping for `data input`Đang mởenhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 65/100
broadinstitute/dapper#8 · 1 bình luận ·
-
readthedocs integration failingĐang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 84/100
broadinstitute/CellBender#462 · 1 bình luận ·
-
Move other domains to redirectsCó thể làm lại được @coreone đã nhận 50 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởexempt-from-stale
broadinstitute/terraform-broad-redirect#80 · 1 người được giao ·
-
Add support for DRAGEN SV and CNV callsCó thể làm lại được @hanars đã nhận 50 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởfeature request
broadinstitute/seqr#5542 · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
GATK Compatibility with CRAM 3.1Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
broadinstitute/gatk#9409 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
Đang hiển thị 100 mục mới nhất
Trang này chỉ liệt kê những gì được lập chỉ mục gần đây. Bộ lọc nâng cao có toàn bộ kho, thu hẹp theo ngôn ngữ, độ khó và thời lượng.