Multiple optional inputs

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#48 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
36/100
Loại issue
Tài liệu
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

Read the optional input pattern and its examples in the repository; the payload does not identify a file or test. Reproduce the reported collision with the supplied process and workflow, then determine how the pattern should generalize to multiple optional inputs. Done means documenting a working approach, with an example that avoids the reported collision.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The optional input pattern does not seem to work if a process has more than one optional input.

For example, the following test:

params.inputs = "$projectDir/data/sites.txt"
params.filter = "$projectDir/assets/NO_FILE"

process foo {
  debug true
  input:
  path seq
  path(opt)
  path(opt2)

  script:
  def filter = opt.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
  def filter2 = opt2.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
  """
  echo your_command --input $seq $filter $filter2
  """
}

workflow {
  prots_ch = Channel.fromPath(params.inputs, checkIfExists:true)
  opt_file = file(params.filter, checkIfExists:true)
  opt2_file = file(params.filter, checkIfExists:true)

  foo(prots_ch, opt_file, opt2_file)
}

Returns a collision error:

ERROR ~ Error executing process > 'foo (1)'
ERROR ~ Error executing process > 'foo (1)'

Caused by:                                                                                                             Process `foo` input file name collision -- There are multiple input files for each of the following file names: NO_FILE


Tip: view the complete command output by changing to the process work dir and entering the command `cat .command.out`

 -- Check '.nextflow.log' file for details

How should one generalize this pattern to handle multiple optional inputs?

Ngôn ngữ chính
Nextflow
Star
374
Fork
73
Merge trung bình
15 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nextflow-io/patterns

Tất cả issue của nextflow-io/patterns

Issue tương tự

Thêm issue về Backend & API Design

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.