Multiple optional inputs
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評価
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 初心者へのやさしさ
- 36/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 領域
- backend
調査の方向性
Read the optional input pattern and its examples in the repository; the payload does not identify a file or test. Reproduce the reported collision with the supplied process and workflow, then determine how the pattern should generalize to multiple optional inputs. Done means documenting a working approach, with an example that avoids the reported collision.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
The optional input pattern does not seem to work if a process has more than one optional input.
For example, the following test:
params.inputs = "$projectDir/data/sites.txt"
params.filter = "$projectDir/assets/NO_FILE"
process foo {
debug true
input:
path seq
path(opt)
path(opt2)
script:
def filter = opt.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
def filter2 = opt2.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
"""
echo your_command --input $seq $filter $filter2
"""
}
workflow {
prots_ch = Channel.fromPath(params.inputs, checkIfExists:true)
opt_file = file(params.filter, checkIfExists:true)
opt2_file = file(params.filter, checkIfExists:true)
foo(prots_ch, opt_file, opt2_file)
}
Returns a collision error:
ERROR ~ Error executing process > 'foo (1)'
ERROR ~ Error executing process > 'foo (1)'
Caused by: Process `foo` input file name collision -- There are multiple input files for each of the following file names: NO_FILE
Tip: view the complete command output by changing to the process work dir and entering the command `cat .command.out`
-- Check '.nextflow.log' file for details
How should one generalize this pattern to handle multiple optional inputs?
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 374
- フォーク
- 73
- 平均マージ
- 15分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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