Example of aggregating file with associated metadata

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#40 2 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Tài liệu
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Lĩnh vực
documentation

Hướng nghiên cứu

Read the existing aggregation patterns and examples in the repository to see how they collect process outputs. Add a best practices example that aggregates file.txt outputs together with their meta values, and make clear how the example handles multiple values and special characters in metadata.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Currently, there is no example of aggregating files AND associated metadata. For instance, in many/most nf-core pipelines the process outputs are something like:

output:
tuple val(meta), path("file.txt")

...but what if one wants to then aggregate all of the file.txt outputs into one table AND include the meta metadata in that output table?

As far as I can tell from scouring the nextflow slack channel, one must "embed" the metadata in the file paths and then parse the file paths in the aggregation step. For example:

Per-file process:

output:
tuple val(meta), path("${meta}.txt")

Aggregation process:

input:
path("*")

script:
"""
[somehow parse {meta} from input file path] 
"""

Is there a better way, especially given the substantial limitations of trying to embed metadata into a file path (eg., dealing with multiple values and special characters in the metadata values)?

I'm sure a lot of pipeline developers would like a best-practices example of how to deal with this situation (without having to decipher how meta is dealt with in aggregation steps of nf-core pipelines).

Ngôn ngữ chính
Nextflow
Star
374
Fork
73
Merge trung bình
15 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nextflow-io/patterns

Tất cả issue của nextflow-io/patterns

Issue tương tự

Thêm issue về Documentation

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.