Multiple optional inputs

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Evaluación

Dificultad
2/5
Tiempo estimado
1-3 horas
Aptitud para principiantes
36/100
Tipo de issue
Documentación
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Área
backend

Línea de trabajo

Read the optional input pattern and its examples in the repository; the payload does not identify a file or test. Reproduce the reported collision with the supplied process and workflow, then determine how the pattern should generalize to multiple optional inputs. Done means documenting a working approach, with an example that avoids the reported collision.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

The optional input pattern does not seem to work if a process has more than one optional input.

For example, the following test:

params.inputs = "$projectDir/data/sites.txt"
params.filter = "$projectDir/assets/NO_FILE"

process foo {
  debug true
  input:
  path seq
  path(opt)
  path(opt2)

  script:
  def filter = opt.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
  def filter2 = opt2.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
  """
  echo your_command --input $seq $filter $filter2
  """
}

workflow {
  prots_ch = Channel.fromPath(params.inputs, checkIfExists:true)
  opt_file = file(params.filter, checkIfExists:true)
  opt2_file = file(params.filter, checkIfExists:true)

  foo(prots_ch, opt_file, opt2_file)
}

Returns a collision error:

ERROR ~ Error executing process > 'foo (1)'
ERROR ~ Error executing process > 'foo (1)'

Caused by:                                                                                                             Process `foo` input file name collision -- There are multiple input files for each of the following file names: NO_FILE


Tip: view the complete command output by changing to the process work dir and entering the command `cat .command.out`

 -- Check '.nextflow.log' file for details

How should one generalize this pattern to handle multiple optional inputs?

Lenguaje dominante
Nextflow
Estrellas
374
Forks
73
Merge medio
15 min
PR fusionados (30 d)
1

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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