Support `cdot` for transcript coordinate information
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 42/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Sôi nổi
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Start by reading the linked cdot issue (SACGF/cdot#54) to understand how partial NCBI gff alignments cause UTA/cdot discrepancies. Then locate where vrs-python fetches transcript coordinate data (cdot/UTA-backed translation) and determine how a mismatch could be detected at runtime. Done looks like: those discrepant cases raise a clear exception instead of silently returning wrong coordinates, with a test reproducing a partial-alignment transcript.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
One possible gotcha identified so far: https://github.com/SACGF/cdot/issues/54, which leads to some discrepancies between UTA and cdot data files when an NCBI gff file only contains a partial alignment of a transcript. In the near term, I think we can identify these cases at runtime and raise an exception. Longer term we should address this in cdot.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 64
- Fork
- 44
- Merge trung bình
- 4 ngày 4 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 8
Chuẩn bị môi trường
Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Không có hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của ga4gh/vrs-python
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
ga4gh/vrs-python#540 · 8 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
ga4gh/vrs-python#673 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Merge `vrs/2.1` into `v3`Có thể đã có người làm @korikuzma đã nhận 1 ngày trước. Đang mởv3
ga4gh/vrs-python#672 · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
test(ci): dont make live network requestsCó thể đã có người làm @theferrit32 đã nhận 15 ngày trước. Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
ga4gh/vrs-python#659 · 1 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Add Relative Allele NormalizationCó thể làm lại được @korikuzma đã nhận 95 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởnice-to-have
ga4gh/vrs-python#641 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
Tất cả issue của ga4gh/vrs-python
Issue tương tự
-
idxmax/idxmin raise ValueError when a single partition is all-NACó thể đã có người làm @Jason10191019999 đã nhận hôm nay. Đang mởneeds triage
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày
-
Old versions of datamodelsĐang mởbug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 64/100
-
[BUG]: Windows GUI package of v1.17.0-rc3 has no GTK DLLsCó thể đã có người làm @andrut-ds đã nhận hôm nay. Đang mởbug CI/CD Pactus-GUI Windows
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
pactus-project/pactus#2428 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
DiskDataset.reshard() can hang with a zero or negative shard sizeCó thể đã có người làm @Programmer-Develops đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 19 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 66/100
GNS3/gns3-server#3017 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày