Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Speckles images issues within example notebook

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#32 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
1/5
Thời gian dự kiến
Dưới một giờ
Mức phù hợp với người mới
50/100
Loại issue
Tài liệu
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
documentation

Hướng nghiên cứu

Tìm notebook ví dụ chứa ví dụ nuclear speckles CytoDataFrame và kiểm tra lựa chọn test_slide1_converted.parquet được hiển thị trong đó. Cập nhật các cột tên tệp được hiển thị thành tập hợp tương thích với testing dataset, giữ lại các cột metadata và số đối tượng, sau đó chạy ô notebook để xác nhận rằng hình ảnh và các lớp phủ mask hiển thị chính xác.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

bug

Discussing with @jenna-tomkinson, the example notebook should be updated for the nuclear speckles dataset to only display filename columns which can display images from the testing dataset.

E.g.

%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
    data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
    data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
    data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
    [
        "Metadata_ImageNumber",
        "Nuclei_Number_Object_Number",
        "Image_FileName_A647",
        "Image_FileName_DAPI",
        "Image_FileName_GOLD",
    ]
][:3]

To:

%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
    data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
    data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
    data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
    [
        "Metadata_ImageNumber",
        "Nuclei_Number_Object_Number",
        "Image_FileName_DAPI",
    ]
][:3]
Ngôn ngữ chính
Python
Star
14
Fork
3
Merge trung bình
3 ngày 3 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
7

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của cytomining/CytoDataFrame

Tất cả issue của cytomining/CytoDataFrame

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.