Speckles images issues within example notebook
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Evaluación
- Dificultad
- 1/5
- Tiempo estimado
- Menos de una hora
- Aptitud para principiantes
- 50/100
- Tipo de issue
- Documentación
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Estancado
- Stack tecnológico
- python
- Área
- documentation
Línea de trabajo
Encuentra el notebook de ejemplo que contiene el ejemplo de nuclear speckles CytoDataFrame e inspecciona la selección mostrada de test_slide1_converted.parquet. Actualiza las columnas de nombres de archivo mostradas al conjunto compatible con el dataset de pruebas, conservando las columnas de metadatos y de número de objeto, y luego ejecuta la celda del notebook para confirmar que las imágenes y las superposiciones de máscaras se muestran correctamente.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Discussing with @jenna-tomkinson, the example notebook should be updated for the nuclear speckles dataset to only display filename columns which can display images from the testing dataset.
E.g.
%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
[
"Metadata_ImageNumber",
"Nuclei_Number_Object_Number",
"Image_FileName_A647",
"Image_FileName_DAPI",
"Image_FileName_GOLD",
]
][:3]
To:
%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
[
"Metadata_ImageNumber",
"Nuclei_Number_Object_Number",
"Image_FileName_DAPI",
]
][:3]
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 14
- Forks
- 3
- Merge medio
- 3 d 3 h
- PR fusionados (30 d)
- 7
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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