Speckles images issues within example notebook
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Valutazione
- Difficoltà
- 1/5
- Tempo stimato
- Meno di un'ora
- Idoneità per principianti
- 50/100
- Tipo di issue
- Documentazione
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Ferma
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- documentation
Direzione di ricerca
Trova il notebook di esempio contenente l’esempio di nuclear speckles CytoDataFrame e ispeziona la selezione mostrata di test_slide1_converted.parquet. Aggiorna le colonne dei nomi file visualizzate con l’insieme compatibile con il dataset di test, mantenendo le colonne dei metadati e del numero dell’oggetto, quindi esegui la cella del notebook per confermare che le immagini e le sovrapposizioni delle maschere vengano visualizzate correttamente.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Discussing with @jenna-tomkinson, the example notebook should be updated for the nuclear speckles dataset to only display filename columns which can display images from the testing dataset.
E.g.
%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
[
"Metadata_ImageNumber",
"Nuclei_Number_Object_Number",
"Image_FileName_A647",
"Image_FileName_DAPI",
"Image_FileName_GOLD",
]
][:3]
To:
%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
[
"Metadata_ImageNumber",
"Nuclei_Number_Object_Number",
"Image_FileName_DAPI",
]
][:3]
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 13
- Fork
- 2
- Merge medio
- 1g 22h
- PR unite (30g)
- 4
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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