Speckles images issues within example notebook
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 1/5
- 見積もり時間
- 1時間未満
- 初心者へのやさしさ
- 50/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- python
調査の方向性
nuclear speckles CytoDataFrame の例を含むサンプルノートブックを見つけ、そこで示されている test_slide1_converted.parquet の選択を確認します。表示されているファイル名列をテストデータセット互換のセットに更新し、メタデータ列とオブジェクト番号列は維持してから、ノートブックのセルを実行して画像とマスクオーバーレイが正しく表示されることを確認します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Discussing with @jenna-tomkinson, the example notebook should be updated for the nuclear speckles dataset to only display filename columns which can display images from the testing dataset.
E.g.
%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
[
"Metadata_ImageNumber",
"Nuclei_Number_Object_Number",
"Image_FileName_A647",
"Image_FileName_DAPI",
"Image_FileName_GOLD",
]
][:3]
To:
%%time
# view nuclear speckles data with images and overlaid outlines from masks
CytoDataFrame(
data=f"{nuclear_speckles_path}/test_slide1_converted.parquet",
data_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/images/plate1",
data_mask_context_dir=f"{nuclear_speckles_path}/masks/plate1",
)[
[
"Metadata_ImageNumber",
"Nuclei_Number_Object_Number",
"Image_FileName_DAPI",
]
][:3]
- 主要言語
- Python
- スター
- 14
- フォーク
- 3
- 平均マージ
- 3日 8時間
- マージ済み PR（30日）
- 6
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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