Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

bigbio/quantms

Đăng nhập để theo dõi Xem trên GitHub

Quantitative mass spectrometry workflow. Currently supports proteomics experiments with complex experimental designs for DDA-LFQ, DDA-Isobaric and DIA-LFQ quantification.

bigbio/quantms có thân thiện với người mới không?

Gần đây có quá ít pull request của người đóng góp bên ngoài gửi tới bigbio/quantms để nói chúng được merge thường xuyên đến đâu. Hiện chưa có issue nào phù hợp với người mới đang mở; danh sách bên dưới là các issue khác chúng tôi có của kho này.

Star
83
Fork
57
Issue cho người mới đang mở
0
Issue đã lập chỉ mục
46
Merge trung bình
2 giờ 31 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
2
Ngôn ngữ chính
Nextflow
Giấy phép
MIT
Lần push lên GitHub gần nhất
15/8/2026
Lập chỉ mục gần nhất
14/9/2026
Hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử
Label cho người mới
help wanted

Cách đóng góp cho bigbio/quantms

  1. Hãy đọc hướng dẫn đóng góp trước: nó cho biết maintainer muốn thay đổi được đề xuất, kiểm thử và review ra sao.
  2. Hãy đọc quy tắc ứng xử: nó áp dụng cho issue và pull request cũng như trò chuyện.
  3. Đóng góp của bạn sẽ được phát hành theo giấy phép MIT của dự án.
  4. Theo dõi kho này để biết khi có issue mới phù hợp với người mới, hoặc xem các issue khác bên dưới.
Phù hợp cho người mới Tất cả
Đang mở Tất cả

Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày

  • Update figure to remove MSstats and DIANN from the workflow
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 52/100

    bigbio/quantms#703 ·

  • CI failure: OpenMS container cannot create config directory
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

    bigbio/quantms#691 ·

  • Package pkg_resources not found when running quantmsutilsc
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#685 · 5 bình luận ·

  • in the main figures we should add pmultiqc as last step
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 58/100

    bigbio/quantms#658 · 1 bình luận ·

  • Update parameters that are going to pmultiqc
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#654 ·

  • Discuss: Targeted proteomics support in quantms ecosystem.
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#648 · 77 bình luận · 1 reaction · 2 người được giao ·

  • Put SDRF creation skill on Claude marketplace
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#647 · 1 bình luận ·

  • Discuss SDRF validation scope
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#646 · 1 bình luận ·

  • Add extensive documentation on how to structure biological and technical replicates for MSstats or general diff. expr. usage
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#645 · 1 reaction ·

  • Deprecate openms tsv as an option for SDRF input and allow csv AND tsv
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?

    bigbio/quantms#638 · 7 bình luận · 1 reaction · 2 người được giao ·

  • Conform with upcoming big nf-core requirements
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement low-priority

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#607 ·

  • Add protein quantification
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#592 · 6 bình luận · 1 người được giao ·

  • [FEATURE] Better error message when running quantms with no input
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#584 · 1 người được giao ·

  • quantms.io protein groups representation.
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement high-priority

    bigbio/quantms#559 · 4 bình luận · 3 người được giao ·

  • Discussion about ConsesusID vs UniScore
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement low-priority research-projects

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 15/100

    bigbio/quantms#558 ·

  • msgf+ needs the disassociation method/fragmentation methods
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement low-priority

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#532 · 1 bình luận ·

  • Does not add second enzyme to Comet search
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug high-priority

    bigbio/quantms#529 · 7 bình luận · 2 người được giao ·

  • Phospho decoy algorithm based on Ascore in OpenMS
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#497 · 2 người được giao ·

  • MSstats issues and refactoring
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    documentation enhancement high-priority question

    bigbio/quantms#493 · 2 người được giao ·

  • Support for different parameters (I.e. different PTMs and Enzymes)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#478 ·

  • TMT16plex correction_matrix is missing
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#473 · 1 bình luận · 1 người được giao ·

  • NFCORE_QUANTMS:QUANTMS:LFQ:MSSTATS Missing output file(s) `*.csv`
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#470 · 2 bình luận ·

  • Allowing more than one enzyme as cleavage agent
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#469 · 6 bình luận ·

  • Chymotrypsin/P force in ComentAdapter, not supported by OpenMS
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    bigbio/quantms#465 · 1 bình luận · 2 người được giao ·

  • addition of tmt18plex as labelling type and Average Channels as Reference Option
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#457 · 2 bình luận ·

  • Optimisation of resources for the workflow
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#455 · 20 bình luận · 3 người được giao ·

  • Support for timsTOF data
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement question

    bigbio/quantms#440 · 8 bình luận · 4 người được giao ·

  • Cleanup module configs and decide on default output files
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement high-priority

    bigbio/quantms#434 · 3 người được giao ·

  • Support for .dia file format in quantms pipeline
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#430 · 8 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·

  • OpenMS and frequently mass shifts in Unimod
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    bigbio/quantms#411 · 12 bình luận ·

  • Benchmarking ms2rscore (deeplc, ms2pip), quantms-rescoring in quantms.
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement high-priority research-projects

    bigbio/quantms#410 · 13 bình luận · 3 người được giao ·

  • the charge min and max and missclevages are sometimes not working
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    bigbio/quantms#364 · 3 bình luận · 4 người được giao ·

  • Open-search with quantms, use cases and workflow
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    documentation enhancement high-priority open-search sage-support

    bigbio/quantms#345 · 1 bình luận · 1 người được giao ·

  • Test the impact and how the parameter num_hits works
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    documentation enhancement high-priority

    bigbio/quantms#344 · 4 bình luận · 2 người được giao ·

  • SAGE error in Big dataset TMT
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    bigbio/quantms#329 · 11 bình luận · 3 người được giao ·

  • SAGE failing in big database
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    bigbio/quantms#327 · 13 bình luận · 1 người được giao ·

  • LFQ MBR FDR algorithm needed.
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement help wanted high-priority

    bigbio/quantms#303 · 8 bình luận · 1 người được giao ·

  • TMT ProteinInference bug with SAGE
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    bigbio/quantms#299 · 1 bình luận · 3 người được giao ·

  • More parameters for MSstats
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement help wanted high-priority

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#283 ·

  • Add Multiple or Custom Enzymes
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement question

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#273 · 5 bình luận ·

  • Support multiple enzymes
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    bigbio/quantms#79 ·

  • Add option for greedy resolution and quantification of shared peptide in TMT branch
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    bigbio/quantms#69 ·

  • Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    bigbio/quantms#735 · 2 bình luận · 2 người được giao ·

  • quantms comet version is null in pmultiqc
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    Bug fix high-priority

    bigbio/quantms#698 · 1 reaction · 2 người được giao ·

  • Layout how parameters are combined
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    bigbio/quantms#591 · 10 bình luận · 1 người được giao ·

  • We should dynamically configure some of the steps depending of the experiment size.
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug enhancement high-priority

    bigbio/quantms#340 · 2 bình luận · 2 người được giao ·

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.