Chủ sở hữu
bigbio
Đã lập chỉ mục 20 kho mã nguồn · Xem trên GitHub
-
proteomics-sample-metadata
SDRF: The Proteomics sample metadata: Standard for experimental design annotation in proteomics datasets
HTML · 116 star
-
quantms
Quantitative mass spectrometry workflow. Currently supports proteomics experiments with complex experimental designs for DDA-LFQ, DDA-Iso...
Nextflow · 83 star
-
sdrf-pipelines
SDRF official validator and converts SDRF to pipeline configuration files
Python · 37 star
-
pmultiqc
A library for QC report based on MultiQC framework
Python · 35 star
-
qpx
qpx (Quantitative Proteomics eXchange) format (aka quantms.io) a format to capture a full proteomics experiment
Python · 26 star
-
pgatk
Python tools for proteogenomics analysis toolkit
Python · 19 star
-
quantmsdiann
quantms workflow for DIANN tool including DIA and DDA analysis
Nextflow · 19 star
-
sdrf-skills
Agentic plugins to annotate SDRF using Claude; Codex; Cursor; Gemini
Python · 18 star
-
ibaqpy
Absolute quantification package based on quantms.io
HTML · 16 star
-
sdrf-annotated-datasets
A repository of datasets in ProteomeXchange annotated in SDRF, previously part of the specification
Python · 12 star
-
sdrf-templates
SDRF templates and validation yaml files from specification proteomics-sample-metadata
Python · 5 star
-
pepgenome
Proteogenomics tool that enables to map peptides to genome coordinates
Java · 4 star
-
onsite
onsite: posttranslation modification site localization
Python · 4 star
-
rawQC
This library enables to compute idfree QC metrics for mzML files using pyopenms
Jupyter Notebook · 3 star
-
fslite
Lightweight Feature selection Python library
Python · 2 star
-
Rust · 2 star
-
spectrafuse
Incremental clustesting pipeline from quantms data.
Nextflow · 1 star
-
hvantk
Hail variant annotation toolkit
Python · 1 star
-
quantms-portal
Tooling and frontend for portal.quantms.org — AI-first proteomics data portal
Vue · 1 star
-
relink
A nextflow workflow for the analysis of large-scale crosslinking experiments
Nextflow · 0 star
Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
h5py is imported at module scope but declared in no dependency set (latent; masked by anndata)Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
hgnc: upstream dropped location_sortable; snapshots, constants and SKILL.md still promise itĐang mởbug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
bigbio/sdrf-templates#64 · 1 bình luận ·
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
enhancement
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
DIA: the MSstats parse costs ~93 GB to produce the quant tables the DIA-NN report can build for freeĐang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
bigbio/pmultiqc#732 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Reconcile pyproject dependencies with the bioconda recipe (psims unused, multiqc pin, stale pytest)Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 54/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
pymzqc is a hard dependency but has no conda package — mzQC export silently dead on biocondaĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 62/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Issue representing SILACĐang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 32/100
bigbio/qpx#308 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
bigbio/qpx#300 · 3 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
extend supportĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100
bigbio/qpx#291 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
bigbio/qpx#284 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
question
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
cli: _LAZY_COMMANDS duplicates the tool.yaml registry, and 14/18 descriptions already disagreeĐang mởenhancement
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 76/100
bigbio/sdrf-pipelines#346 ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
bigbio/sdrf-pipelines#345 ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 76/100
bigbio/sdrf-pipelines#344 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
bigbio/sdrf-templates#59 ·
-
bug
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 52/100
bigbio/pmultiqc#715 · 5 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
bigbio/qpx#282 · 3 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Define sample type in SDRF templates for mass spectrometry experimentsCó thể làm lại được @jpfeuffer đã nhận 48 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởhelp wanted question
bigbio/sdrf-templates#56 · 9 bình luận · 1 reaction · 4 người được giao ·
-
pg: a (group, quantification unit, label) with no quantity — labelled row with null intensity, or no row?Có thể làm lại được @ypriverol đã nhận 47 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/qpx#280 · 8 bình luận · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
psm/feature: no field carries the native spectrum reference, and the `scan` component convention is undefined outside WatersCó thể làm lại được @ypriverol đã nhận 53 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/qpx#259 · 4 bình luận · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Templates enforce column rules per file, but samples are heterogeneous per row (the cell-line deadlock)Có thể làm lại được @ypriverol đã nhận 53 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/sdrf-templates#51 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
-
rerank: port the multiplicity control, blocked CV and seed handling into the libraryCó thể làm lại được @ypriverol đã nhận 53 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/hvantk#247 · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
burden: make _driver_af tie-break deterministic (needs CHD gate re-run)Có thể làm lại được @ypriverol đã nhận 53 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/hvantk#230 · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
[metadata] PXD014877: high_unmapped, organism_casing, tissue_unresolvedCó thể làm lại được @ypriverol đã nhận 50 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/quantms-portal#7 · 1 người được giao ·
-
[metadata] PXD013231: accession_format, disease_unresolved, organism_casing, tissue_noncanonicalCó thể làm lại được @ypriverol đã nhận 50 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/quantms-portal#6 · 1 người được giao ·
-
[GENERAL] Lowess computation quite slowCó thể làm lại được @isquires-mlai đã nhận 50 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/pmultiqc#687 · 5 bình luận · 2 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
[metadata] PXD036609: accession_format, disease_unresolved, organism_casing, tissue_suggestedCó thể làm lại được @ypriverol đã nhận 50 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
bigbio/quantms-portal#5 · 1 người được giao ·
-
HGC QC: cap the module at computation; retire the QC plotting layerCó thể làm lại được @enriquea đã nhận 78 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởclean-up
bigbio/hvantk#205 · 1 reaction · 2 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 28/100
-
Metaproteomics- adding/ changing new columns suggestions from symposiumCó thể làm lại được @ypriverol đã nhận 53 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởdocumentation question
bigbio/sdrf-templates#49 · 2 bình luận · 1 người được giao ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
bigbio/sdrf-templates#44 · 2 bình luận ·
-
enhancement
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
bigbio/hvantk#185 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
Đang hiển thị 100 mục mới nhất
Trang này chỉ liệt kê những gì được lập chỉ mục gần đây. Bộ lọc nâng cao có toàn bộ kho, thu hẹp theo ngôn ngữ, độ khó và thời lượng.