Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

bigbio/quantms

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Quantitative mass spectrometry workflow. Currently supports proteomics experiments with complex experimental designs for DDA-LFQ, DDA-Isobaric and DIA-LFQ quantification.

¿Es bigbio/quantms apto para principiantes?

Hemos visto muy pocos pull requests recientes de colaboradores externos en bigbio/quantms para saber con qué frecuencia se fusionan. Ahora mismo no hay ningún issue apto para principiantes abierto; la lista de abajo muestra los demás issues que tenemos de este repositorio.

Estrellas
83
Forks
57
Issues abiertos para principiantes
0
Issues indexados
46
Merge medio
2 h 31 min
PR fusionados (30 d)
2
Lenguaje dominante
Nextflow
Licencia
MIT
Último push a GitHub
15/8/2026
Última indexación
14/9/2026
Guía de contribución
Código de conducta
Etiquetas para principiantes
help wanted

Cómo contribuir a bigbio/quantms

  1. Lee primero la guía de contribución: explica cómo quieren los mantenedores que se propongan, prueben y revisen los cambios.
  2. Lee su código de conducta: se aplica a los issues y pull requests igual que al chat.
  3. Tus contribuciones se publicarán bajo la licencia MIT del proyecto.
  4. Sigue el repositorio para enterarte cuando se abra un nuevo issue apto para principiantes, o revisa los demás issues de abajo.
Para principiantes Todo
Abierto Todos

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

  • Update figure to remove MSstats and DIANN from the workflow
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 52/100

    bigbio/quantms#703 ·

  • CI failure: OpenMS container cannot create config directory
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

    bigbio/quantms#691 ·

  • Package pkg_resources not found when running quantmsutilsc
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#685 · 5 comentarios ·

  • in the main figures we should add pmultiqc as last step
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 58/100

    bigbio/quantms#658 · 1 comentario ·

  • Update parameters that are going to pmultiqc
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#654 ·

  • Discuss: Targeted proteomics support in quantms ecosystem.
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#648 · 77 comentarios · 1 reacción · 2 asignados ·

  • Put SDRF creation skill on Claude marketplace
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#647 · 1 comentario ·

  • Discuss SDRF validation scope
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#646 · 1 comentario ·

  • Add extensive documentation on how to structure biological and technical replicates for MSstats or general diff. expr. usage
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#645 · 1 reacción ·

  • Deprecate openms tsv as an option for SDRF input and allow csv AND tsv
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    bigbio/quantms#638 · 7 comentarios · 1 reacción · 2 asignados ·

  • Conform with upcoming big nf-core requirements
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement low-priority

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#607 ·

  • Add protein quantification
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#592 · 6 comentarios · 1 asignado ·

  • [FEATURE] Better error message when running quantms with no input
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#584 · 1 asignado ·

  • quantms.io protein groups representation.
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement high-priority

    bigbio/quantms#559 · 4 comentarios · 3 asignados ·

  • Discussion about ConsesusID vs UniScore
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement low-priority research-projects

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

    bigbio/quantms#558 ·

  • msgf+ needs the disassociation method/fragmentation methods
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement low-priority

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#532 · 1 comentario ·

  • Does not add second enzyme to Comet search
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug high-priority

    bigbio/quantms#529 · 7 comentarios · 2 asignados ·

  • Phospho decoy algorithm based on Ascore in OpenMS
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#497 · 2 asignados ·

  • MSstats issues and refactoring
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation enhancement high-priority question

    bigbio/quantms#493 · 2 asignados ·

  • Support for different parameters (I.e. different PTMs and Enzymes)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#478 ·

  • TMT16plex correction_matrix is missing
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#473 · 1 comentario · 1 asignado ·

  • NFCORE_QUANTMS:QUANTMS:LFQ:MSSTATS Missing output file(s) `*.csv`
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#470 · 2 comentarios ·

  • Allowing more than one enzyme as cleavage agent
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#469 · 6 comentarios ·

  • Chymotrypsin/P force in ComentAdapter, not supported by OpenMS
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    bigbio/quantms#465 · 1 comentario · 2 asignados ·

  • addition of tmt18plex as labelling type and Average Channels as Reference Option
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#457 · 2 comentarios ·

  • Optimisation of resources for the workflow
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#455 · 20 comentarios · 3 asignados ·

  • Support for timsTOF data
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement question

    bigbio/quantms#440 · 8 comentarios · 4 asignados ·

  • Cleanup module configs and decide on default output files
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement high-priority

    bigbio/quantms#434 · 3 asignados ·

  • Support for .dia file format in quantms pipeline
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#430 · 8 comentarios · 1 reacción · 1 asignado ·

  • OpenMS and frequently mass shifts in Unimod
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

    bigbio/quantms#411 · 12 comentarios ·

  • Benchmarking ms2rscore (deeplc, ms2pip), quantms-rescoring in quantms.
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement high-priority research-projects

    bigbio/quantms#410 · 13 comentarios · 3 asignados ·

  • the charge min and max and missclevages are sometimes not working
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    bigbio/quantms#364 · 3 comentarios · 4 asignados ·

  • Open-search with quantms, use cases and workflow
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation enhancement high-priority open-search sage-support

    bigbio/quantms#345 · 1 comentario · 1 asignado ·

  • Test the impact and how the parameter num_hits works
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    documentation enhancement high-priority

    bigbio/quantms#344 · 4 comentarios · 2 asignados ·

  • SAGE error in Big dataset TMT
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    bigbio/quantms#329 · 11 comentarios · 3 asignados ·

  • SAGE failing in big database
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    bigbio/quantms#327 · 13 comentarios · 1 asignado ·

  • LFQ MBR FDR algorithm needed.
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement help wanted high-priority

    bigbio/quantms#303 · 8 comentarios · 1 asignado ·

  • TMT ProteinInference bug with SAGE
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    bigbio/quantms#299 · 1 comentario · 3 asignados ·

  • More parameters for MSstats
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement help wanted high-priority

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#283 ·

  • Add Multiple or Custom Enzymes
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement question

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#273 · 5 comentarios ·

  • Support multiple enzymes
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    bigbio/quantms#79 ·

  • Add option for greedy resolution and quantification of shared peptide in TMT branch
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    bigbio/quantms#69 ·

  • Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    bigbio/quantms#735 · 2 comentarios · 2 asignados ·

  • quantms comet version is null in pmultiqc
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    Bug fix high-priority

    bigbio/quantms#698 · 1 reacción · 2 asignados ·

  • Layout how parameters are combined
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    bigbio/quantms#591 · 10 comentarios · 1 asignado ·

  • We should dynamically configure some of the steps depending of the experiment size.
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug enhancement high-priority

    bigbio/quantms#340 · 2 comentarios · 2 asignados ·

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