bigbio/quantms

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• Update figure to remove MSstats and DIANN from the workflow

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 52/100

  bigbio/quantms#703 · 2026年4月15日 に作成

• CI failure: OpenMS container cannot create config directory

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100

  bigbio/quantms#691 · 2026年4月3日 に作成

• Package pkg_resources not found when running quantmsutilsc

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

  bigbio/quantms#685 · コメント 5 件 · 2026年3月12日 に作成

• in the main figures we should add pmultiqc as last step

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  enhancement

  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 58/100

  bigbio/quantms#658 · コメント 1 件 · 2026年2月13日 に作成

• Update parameters that are going to pmultiqc

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  bigbio/quantms#654 · 2026年1月21日 に作成

• Discuss: Targeted proteomics support in quantms ecosystem.

  再び着手できるかも @singjc が 254 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#648 · コメント 77 件 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年1月16日 に作成

• Put SDRF creation skill on Claude marketplace

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#647 · コメント 1 件 · 2026年1月14日 に作成

• Discuss SDRF validation scope

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#646 · コメント 1 件 · 2026年1月14日 に作成

• Add extensive documentation on how to structure biological and technical replicates for MSstats or general diff. expr. usage

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  bigbio/quantms#645 · リアクション 1 件 · 2026年1月14日 に作成

• Deprecate openms tsv as an option for SDRF input and allow csv AND tsv

  再び着手できるかも @jpfeuffer が 259 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#638 · コメント 7 件 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年1月13日 に作成

• Conform with upcoming big nf-core requirements

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#607 · 2025年11月3日 に作成

• Add protein quantification

  再び着手できるかも @enryH が 344 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#592 · コメント 6 件 · 担当者 1 名 · 2025年10月21日 に作成

• [FEATURE] Better error message when running quantms with no input

  再び着手できるかも @ypriverol が 193 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#584 · 担当者 1 名 · 2025年9月25日 に作成

• quantms.io protein groups representation.

  再び着手できるかも @ypriverol が 483 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#559 · コメント 4 件 · 担当者 3 名 · 2025年6月4日 に作成

• Discussion about ConsesusID vs UniScore

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  enhancement low-priority research-projects

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100

  bigbio/quantms#558 · 2025年6月3日 に作成

• msgf+ needs the disassociation method/fragmentation methods

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  enhancement low-priority

  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#532 · コメント 1 件 · 2025年5月9日 に作成

• Does not add second enzyme to Comet search

  再び着手できるかも @daichengxin が 306 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bug high-priority

  bigbio/quantms#529 · コメント 7 件 · 担当者 2 名 · 2025年5月8日 に作成

• Phospho decoy algorithm based on Ascore in OpenMS

  再び着手できるかも @timosachsenberg が 558 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#497 · 担当者 2 名 · 2025年3月21日 に作成

• MSstats issues and refactoring

  再び着手できるかも @daichengxin が 569 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  documentation enhancement high-priority question

  bigbio/quantms#493 · 担当者 2 名 · 2025年3月10日 に作成

• Support for different parameters (I.e. different PTMs and Enzymes)

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#478 · 2025年2月5日 に作成

• TMT16plex correction_matrix is missing

  再び着手できるかも @ypriverol が 622 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#473 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2025年1月16日 に作成

• NFCORE_QUANTMS:QUANTMS:LFQ:MSSTATS Missing output file(s) `*.csv`

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  bigbio/quantms#470 · コメント 2 件 · 2025年1月8日 に作成

• Allowing more than one enzyme as cleavage agent

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  bigbio/quantms#469 · コメント 6 件 · 2025年1月7日 に作成

• Chymotrypsin/P force in ComentAdapter, not supported by OpenMS

  再び着手できるかも @timosachsenberg が 647 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#465 · コメント 1 件 · 担当者 2 名 · 2024年12月22日 に作成

• addition of tmt18plex as labelling type and Average Channels as Reference Option

  オープン

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#457 · コメント 2 件 · 2024年12月5日 に作成

• Optimisation of resources for the workflow

  再び着手できるかも @daichengxin が 664 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#455 · コメント 20 件 · 担当者 3 名 · 2024年12月5日 に作成

• Support for timsTOF data

  再び着手できるかも @daichengxin が 682 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#440 · コメント 8 件 · 担当者 4 名 · 2024年11月17日 に作成

• Cleanup module configs and decide on default output files

  再び着手できるかも @daichengxin が 694 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  enhancement high-priority

  bigbio/quantms#434 · 担当者 3 名 · 2024年11月5日 に作成

• Support for .dia file format in quantms pipeline

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  bigbio/quantms#430 · コメント 8 件 · リアクション 1 件 · 担当者 1 名 · 2024年10月16日 に作成

• OpenMS and frequently mass shifts in Unimod

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  bigbio/quantms#411 · コメント 12 件 · 2024年8月20日 に作成

• Benchmarking ms2rscore (deeplc, ms2pip), quantms-rescoring in quantms.

  再び着手できるかも @ypriverol が 569 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  enhancement high-priority research-projects

  bigbio/quantms#410 · コメント 13 件 · 担当者 3 名 · 2024年8月16日 に作成

• the charge min and max and missclevages are sometimes not working

  再び着手できるかも @daichengxin が 918 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#364 · コメント 3 件 · 担当者 4 名 · 2024年3月25日 に作成

• Open-search with quantms, use cases and workflow

  再び着手できるかも @daichengxin が 985 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  documentation enhancement high-priority open-search sage-support

  bigbio/quantms#345 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2024年1月18日 に作成

• Test the impact and how the parameter num_hits works

  再び着手できるかも @daichengxin が 987 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  documentation enhancement high-priority

  bigbio/quantms#344 · コメント 4 件 · 担当者 2 名 · 2024年1月16日 に作成

• SAGE error in Big dataset TMT

  再び着手できるかも @daichengxin が 1026 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#329 · コメント 11 件 · 担当者 3 名 · 2023年12月9日 に作成

• SAGE failing in big database

  再び着手できるかも @ypriverol が 1042 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#327 · コメント 13 件 · 担当者 1 名 · 2023年11月23日 に作成

• LFQ MBR FDR algorithm needed.

  再び着手できるかも @timosachsenberg が 1083 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#303 · コメント 8 件 · 担当者 1 名 · 2023年10月13日 に作成

• TMT ProteinInference bug with SAGE

  再び着手できるかも @daichengxin が 1092 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  bigbio/quantms#299 · コメント 1 件 · 担当者 3 名 · 2023年10月4日 に作成

• More parameters for MSstats

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#283 · 2023年9月15日 に作成

• Add Multiple or Custom Enzymes

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  bigbio/quantms#273 · コメント 5 件 · 2023年5月23日 に作成

• Support multiple enzymes

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  bigbio/quantms#79 · 2022年2月18日 に作成

• Add option for greedy resolution and quantification of shared peptide in TMT branch

  オープン

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  bigbio/quantms#69 · 2022年2月8日 に作成

• Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications

  対応中かも @daichengxin が 2 日前に担当しました。 オープン

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  bigbio/quantms#735 · コメント 2 件 · 担当者 2 名 · 2026年9月28日 に作成

• quantms comet version is null in pmultiqc

  対応中かも @ypriverol が 170 日前に担当しました。 オープン

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  bigbio/quantms#698 · リアクション 1 件 · 担当者 2 名 · 2026年4月13日 に作成

• Layout how parameters are combined

  対応中かも @enryH が 344 日前に担当しました。 オープン

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  bigbio/quantms#591 · コメント 10 件 · 担当者 1 名 · 2025年10月21日 に作成

• We should dynamically configure some of the steps depending of the experiment size.

  対応中かも @daichengxin が 992 日前に担当しました。 オープン

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  bug enhancement high-priority

  bigbio/quantms#340 · コメント 2 件 · 担当者 2 名 · 2024年1月12日 に作成