Hacktoberfest 2026 : les issues que les mainteneurs ont marquées pour octobre, ouvertes et accessibles aux débutants. Parcourir les issues Hacktoberfest

bigbio/quantms

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Quantitative mass spectrometry workflow. Currently supports proteomics experiments with complex experimental designs for DDA-LFQ, DDA-Isobaric and DIA-LFQ quantification.

bigbio/quantms est-il accessible aux débutants ?

Nous avons vu trop peu de pull requests récentes de contributeurs externes sur bigbio/quantms pour dire à quelle fréquence elles sont fusionnées. Aucune issue accessible aux débutants n'est ouverte pour l'instant ; la liste ci-dessous montre les autres issues que nous avons pour ce dépôt.

Étoiles
83
Forks
57
Issues débutants ouvertes
0
Issues indexées
46
Merge moyen
2 h 31 min
PR mergées (30 j)
2
Langage dominant
Nextflow
Licence
MIT
Dernier push GitHub
15/8/2026
Dernière indexation
14/9/2026
Guide de contribution
Code de conduite
Labels débutants
help wanted

Comment contribuer à bigbio/quantms

  1. Lisez d'abord le guide de contribution : il explique comment les mainteneurs veulent que les changements soient proposés, testés et relus.
  2. Lisez son code de conduite : il s'applique aux issues et aux pull requests autant qu'au chat.
  3. Vos contributions seront publiées sous la licence MIT du projet.
  4. Suivez le dépôt pour savoir quand une nouvelle issue accessible aux débutants s'ouvre, ou parcourez les autres issues ci-dessous.
Accessible aux débutants Tout
Ouverte Toutes

Les issues sur lesquelles quelqu’un travaille peut-être déjà sont listées en dernier. Tout trier par date

  • Update figure to remove MSstats and DIANN from the workflow
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 52/100

    bigbio/quantms#703 ·

  • CI failure: OpenMS container cannot create config directory
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100

    bigbio/quantms#691 ·

  • Package pkg_resources not found when running quantmsutilsc
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#685 · 5 commentaires ·

  • in the main figures we should add pmultiqc as last step
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 58/100

    bigbio/quantms#658 · 1 commentaire ·

  • Update parameters that are going to pmultiqc
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#654 ·

  • Discuss: Targeted proteomics support in quantms ecosystem.
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#648 · 77 commentaires · 1 réaction · 2 personnes assignées ·

  • Put SDRF creation skill on Claude marketplace
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#647 · 1 commentaire ·

  • Discuss SDRF validation scope
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#646 · 1 commentaire ·

  • Add extensive documentation on how to structure biological and technical replicates for MSstats or general diff. expr. usage
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#645 · 1 réaction ·

  • Deprecate openms tsv as an option for SDRF input and allow csv AND tsv
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?

    bigbio/quantms#638 · 7 commentaires · 1 réaction · 2 personnes assignées ·

  • Conform with upcoming big nf-core requirements
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement low-priority

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#607 ·

  • Add protein quantification
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#592 · 6 commentaires · 1 personne assignée ·

  • [FEATURE] Better error message when running quantms with no input
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#584 · 1 personne assignée ·

  • quantms.io protein groups representation.
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement high-priority

    bigbio/quantms#559 · 4 commentaires · 3 personnes assignées ·

  • Discussion about ConsesusID vs UniScore
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement low-priority research-projects

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

    bigbio/quantms#558 ·

  • msgf+ needs the disassociation method/fragmentation methods
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement low-priority

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#532 · 1 commentaire ·

  • Does not add second enzyme to Comet search
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug high-priority

    bigbio/quantms#529 · 7 commentaires · 2 personnes assignées ·

  • Phospho decoy algorithm based on Ascore in OpenMS
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#497 · 2 personnes assignées ·

  • MSstats issues and refactoring
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    documentation enhancement high-priority question

    bigbio/quantms#493 · 2 personnes assignées ·

  • Support for different parameters (I.e. different PTMs and Enzymes)
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#478 ·

  • TMT16plex correction_matrix is missing
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#473 · 1 commentaire · 1 personne assignée ·

  • NFCORE_QUANTMS:QUANTMS:LFQ:MSSTATS Missing output file(s) `*.csv`
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#470 · 2 commentaires ·

  • Allowing more than one enzyme as cleavage agent
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#469 · 6 commentaires ·

  • Chymotrypsin/P force in ComentAdapter, not supported by OpenMS
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    bigbio/quantms#465 · 1 commentaire · 2 personnes assignées ·

  • addition of tmt18plex as labelling type and Average Channels as Reference Option
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#457 · 2 commentaires ·

  • Optimisation of resources for the workflow
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#455 · 20 commentaires · 3 personnes assignées ·

  • Support for timsTOF data
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement question

    bigbio/quantms#440 · 8 commentaires · 4 personnes assignées ·

  • Cleanup module configs and decide on default output files
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement high-priority

    bigbio/quantms#434 · 3 personnes assignées ·

  • Support for .dia file format in quantms pipeline
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#430 · 8 commentaires · 1 réaction · 1 personne assignée ·

  • OpenMS and frequently mass shifts in Unimod
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

    bigbio/quantms#411 · 12 commentaires ·

  • Benchmarking ms2rscore (deeplc, ms2pip), quantms-rescoring in quantms.
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement high-priority research-projects

    bigbio/quantms#410 · 13 commentaires · 3 personnes assignées ·

  • the charge min and max and missclevages are sometimes not working
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    bigbio/quantms#364 · 3 commentaires · 4 personnes assignées ·

  • Open-search with quantms, use cases and workflow
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    documentation enhancement high-priority open-search sage-support

    bigbio/quantms#345 · 1 commentaire · 1 personne assignée ·

  • Test the impact and how the parameter num_hits works
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    documentation enhancement high-priority

    bigbio/quantms#344 · 4 commentaires · 2 personnes assignées ·

  • SAGE error in Big dataset TMT
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    bigbio/quantms#329 · 11 commentaires · 3 personnes assignées ·

  • SAGE failing in big database
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    bigbio/quantms#327 · 13 commentaires · 1 personne assignée ·

  • LFQ MBR FDR algorithm needed.
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement help wanted high-priority

    bigbio/quantms#303 · 8 commentaires · 1 personne assignée ·

  • TMT ProteinInference bug with SAGE
    Peut-être à nouveau libre Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    bigbio/quantms#299 · 1 commentaire · 3 personnes assignées ·

  • More parameters for MSstats
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement help wanted high-priority

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#283 ·

  • Add Multiple or Custom Enzymes
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement question

    Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#273 · 5 commentaires ·

  • Support multiple enzymes
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

    bigbio/quantms#79 ·

  • Add option for greedy resolution and quantification of shared peptide in TMT branch
    Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

    bigbio/quantms#69 ·

  • Segfault in QTClusterFinder/FeatureGroupingAlgorithmQT during ProteomicsLFQ cross-run alignment with Sage identifications
    Peut-être pris Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug

    bigbio/quantms#735 · 2 commentaires · 2 personnes assignées ·

  • quantms comet version is null in pmultiqc
    Peut-être pris Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    Bug fix high-priority

    bigbio/quantms#698 · 1 réaction · 2 personnes assignées ·

  • Layout how parameters are combined
    Peut-être pris Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    enhancement

    bigbio/quantms#591 · 10 commentaires · 1 personne assignée ·

  • We should dynamically configure some of the steps depending of the experiment size.
    Peut-être pris Ouverte
    • Quelque chose ne va pas ?
    bug enhancement high-priority

    bigbio/quantms#340 · 2 commentaires · 2 personnes assignées ·

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