Chủ sở hữu

SACGF

Đã lập chỉ mục 1 kho mã nguồn · Xem trên GitHub

variantgrid
VariantGrid public repo

Python · 31 star

Đang mở Tất cả

Knowledge-base backing for gene-level splice variants (known isoforms: AR-V7, EGFRvIII, MET exon 14 skipping) Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1909 · 1 bình luận · Mở ngày 23/9/2026
IGV links for gene-level splice variants, from the caller's breakpoints in the splice observation Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

SACGF/variantgrid#1908 · Mở ngày 23/9/2026
Rename EffectiveDateType.CURATED => CLASSIFIED Đang mở

Refactoring

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100

SACGF/variantgrid#1907 · Mở ngày 23/9/2026
Prune global.scss and split it into partials by concern Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1906 · 1 bình luận · Mở ngày 23/9/2026
Store the DRAGEN TSO500 CombinedVariantOutput as a seqauto record - TMB/MSI/GIS are results of one analysis, not properties of the specimen Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1904 · Mở ngày 23/9/2026
Import SpliceGirl SpliceVariants.vcf as gene-level splice variants, and stop taking variants from the CombinedVariantOutput Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1903 · 1 bình luận · Mở ngày 23/9/2026
Gene-level variants: c.HGVS / g.HGVS spacing and 'splice' suffix Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100

SACGF/variantgrid#1902 · Mở ngày 23/9/2026
Show resolved variant tags as a TagConfigCollection setting, so a lab can keep the 'scan SomaticReportable in other analyses' workflow Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100

SACGF/variantgrid#1901 · Mở ngày 23/9/2026
Classify & Report - classifying a patient level tag picks an arbitrary sample, leaving zygosity blank Đang mở

SACGF/variantgrid#1899 · 1 người được giao · Mở ngày 22/9/2026
Somatic classification validation says "Classification requires a value" when Somatic Clinical Significance would satisfy it Đang mở

SACGF/variantgrid#1893 · 2 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 22/9/2026
Related data - analysis - Patient - SampleNode doesn't show through patient Đang mở

SACGF/variantgrid#1889 · 1 người được giao · Mở ngày 21/9/2026
Analysis template - samplenode filters are not being applied correctly Đang mở

Analysis Templates

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

SACGF/variantgrid#1886 · Mở ngày 18/9/2026
SampleNode editor: FILTER checkboxes ambiguous - one per line with descriptions Đang mở

Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100

SACGF/variantgrid#1884 · Mở ngày 18/9/2026
Classification grids show matched variants without c.HGVS as 'not resolved' Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

SACGF/variantgrid#1878 · Mở ngày 17/9/2026
Splice events: describe the junction behind a label (transcript + exons, or breakpoints) Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1877 · Mở ngày 16/9/2026
Search - gene level variants Đang mở

SACGF/variantgrid#1876 · 1 người được giao · Mở ngày 16/9/2026
TSO 500 splice calls: represent RNA junctions as their own thing, not genomic <DEL>s Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

SACGF/variantgrid#1875 · 1 bình luận · Mở ngày 15/9/2026
Case report Word generation: monospaced Results Summary and DRAFT banner Đang mở

SACGF/variantgrid#1874 · 1 người được giao · Mở ngày 15/9/2026
TSO 500 case report: manual pass over the printed document (HTML/PDF) Đang mở

SACGF/variantgrid#1873 · 1 người được giao · Mở ngày 15/9/2026
Shariant JSON API returning HTML Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1872 · 3 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 15/9/2026
Gene fusions: classification equivalence/discordance and breakend (BND) representation, deferred from #1506 Đang mở

somatic

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SACGF/variantgrid#1871 · Mở ngày 14/9/2026
Patient CSV cannot name the DNA and RNA arms of one specimen Đang mở

Has Plan Patients

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

SACGF/variantgrid#1870 · Mở ngày 14/9/2026
Patient API is still served on Shariant: URLS_NAME_REGISTER does not gate router URLs Đang mở

API Has Plan Patients

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100

SACGF/variantgrid#1869 · Mở ngày 14/9/2026
Analysis node CSV export: plain .csv with a shorter filename Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100

SACGF/variantgrid#1866 · Mở ngày 14/9/2026
Patient code over name Đang mở

SACGF/variantgrid#1860 · 1 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 10/9/2026
Speed up the unit test suite v2: setUpTestData deep-copies, audit tests, timing runner Đang mở

optimisation

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

SACGF/variantgrid#1858 · Mở ngày 10/9/2026
Analysis Nodes with samples - dealing with SampleNode patient (multiple samples) Đang mở

SACGF/variantgrid#1855 · 1 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 9/9/2026
MME - MatchMakerExchange - tags and view of queries Đang mở

enhancement

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SACGF/variantgrid#1852 · Mở ngày 9/9/2026
Fusion gene overlap: renamed symbol side and annotation race lose the 5' partner from gene lists Đang mở

Annotation Gene Has Test Case

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1851 · Mở ngày 9/9/2026
somalier_existing_vcfs: batch ancestry across VCFs and fan extracts out to celery Đang mở

Has Plan

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1850 · Mở ngày 9/9/2026
Related samples table is not permission filtered - names samples the user can't view Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1843 · Mở ngày 8/9/2026
Somalier - skip ancestry/relate for VCFs below a minimum number of genotyped sites Đang mở

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1842 · Mở ngày 8/9/2026
Gene Amplifications Đang mở

SACGF/variantgrid#1836 · 1 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 7/9/2026
Gene-level Classifications (Fusions, Amp, splicing) Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100

SACGF/variantgrid#1835 · 3 bình luận · Mở ngày 7/9/2026
Front page - Update images of analysis nodes Đang mở

SACGF/variantgrid#1824 · 1 người được giao · Mở ngày 3/9/2026
Benchmark Postgres join_collapse_limit on variantgrid.com and SA Path VG4 test Đang mở

Analysis

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

SACGF/variantgrid#1821 · 3 bình luận · Mở ngày 1/9/2026
Agent-legible VariantGrid: knowledge layers, vg introspection commands, verification loops, .claude harness Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 28/100

SACGF/variantgrid#1816 · Mở ngày 31/8/2026
GeneGrid: replace hand-rolled table JS with Tabulator Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1811 · Mở ngày 31/8/2026
Cohort node - minimum sample count per gene (not per variant) Đang mở

Analysis

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100

SACGF/variantgrid#1807 · Mở ngày 31/8/2026
Variant details samples grid - IGV link per sample, loading that sample's BAM Đang mở

Variant Details

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100

SACGF/variantgrid#1805 · Mở ngày 31/8/2026
Gene page: classification summary counts Đang mở

Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 70/100

SACGF/variantgrid#1803 · Mở ngày 31/8/2026
Remaining duplicate implementations: annotation, snpdb, and cross-app pairs Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

SACGF/variantgrid#1801 · Mở ngày 31/8/2026
Duplicate implementations in the classification app (two of them dead, drifted code) Đang mở

Wait for Merge

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100

SACGF/variantgrid#1796 · Mở ngày 30/8/2026
Dead code sweep: 77 unreferenced Python symbols, 5 templates, 49 static assets, and two dormant subsystems Đang mở

Wait for Merge

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 32/100

SACGF/variantgrid#1795 · Mở ngày 30/8/2026
Analysis: dedicated Structural Variant node for AnnotSV columns Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 45/100

SACGF/variantgrid#1793 · 1 bình luận · Mở ngày 28/8/2026
Download cut-down jQuery UI and Plotly builds (~2.5MB of unused JS shipped) Đang mở

Refactoring

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 58/100

SACGF/variantgrid#1790 · 3 bình luận · Mở ngày 28/8/2026
Analysis nodes: variant type, variant identifiers, classification/ClinVar filtering Đang mở

Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

SACGF/variantgrid#1789 · 4 bình luận · Mở ngày 28/8/2026
Web request concurrency: gunicorn runs 8 sync workers — evaluate gthread (and why not async Django) Đang mở

Deployment enhancement

Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

SACGF/variantgrid#1786 · Mở ngày 27/8/2026
Classification upload API: run condition text automatch async, batched after accepting the upload Đang mở

SACGF/variantgrid#1780 · 1 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 26/8/2026
Incremental (since=) classification export scans the entire table — no-op Shariant sync takes ~50s Đang mở

SACGF/variantgrid#1778 · 1 bình luận · 1 người được giao · Mở ngày 26/8/2026

Đang hiển thị 100 mục mới nhất

Trang này chỉ liệt kê những gì được lập chỉ mục gần đây. Bộ lọc nâng cao có toàn bộ kho, thu hẹp theo ngôn ngữ, độ khó và thời lượng.

Mở bộ lọc nâng cao

SACGF

Đang hiển thị 100 mục mới nhất

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn