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SACGF

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variantgrid
VariantGrid public repo

Python · 31 stelle

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Knowledge-base backing for gene-level splice variants (known isoforms: AR-V7, EGFRvIII, MET exon 14 skipping) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1909 · 1 commento · Aperta il 23/9/2026
IGV links for gene-level splice variants, from the caller's breakpoints in the splice observation Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

SACGF/variantgrid#1908 · Aperta il 23/9/2026
Rename EffectiveDateType.CURATED => CLASSIFIED Aperta

Refactoring

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100

SACGF/variantgrid#1907 · Aperta il 23/9/2026
Prune global.scss and split it into partials by concern Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1906 · 1 commento · Aperta il 23/9/2026
Store the DRAGEN TSO500 CombinedVariantOutput as a seqauto record - TMB/MSI/GIS are results of one analysis, not properties of the specimen Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1904 · Aperta il 23/9/2026
Import SpliceGirl SpliceVariants.vcf as gene-level splice variants, and stop taking variants from the CombinedVariantOutput Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1903 · 1 commento · Aperta il 23/9/2026
Gene-level variants: c.HGVS / g.HGVS spacing and 'splice' suffix Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100

SACGF/variantgrid#1902 · Aperta il 23/9/2026
Show resolved variant tags as a TagConfigCollection setting, so a lab can keep the 'scan SomaticReportable in other analyses' workflow Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100

SACGF/variantgrid#1901 · Aperta il 23/9/2026
Classify & Report - classifying a patient level tag picks an arbitrary sample, leaving zygosity blank Aperta

SACGF/variantgrid#1899 · 1 assegnatario · Aperta il 22/9/2026
Somatic classification validation says "Classification requires a value" when Somatic Clinical Significance would satisfy it Aperta

SACGF/variantgrid#1893 · 2 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 22/9/2026
Related data - analysis - Patient - SampleNode doesn't show through patient Aperta

SACGF/variantgrid#1889 · 1 assegnatario · Aperta il 21/9/2026
Analysis template - samplenode filters are not being applied correctly Aperta

Analysis Templates

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 68/100

SACGF/variantgrid#1886 · Aperta il 18/9/2026
SampleNode editor: FILTER checkboxes ambiguous - one per line with descriptions Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 74/100

SACGF/variantgrid#1884 · Aperta il 18/9/2026
Classification grids show matched variants without c.HGVS as 'not resolved' Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

SACGF/variantgrid#1878 · Aperta il 17/9/2026
Splice events: describe the junction behind a label (transcript + exons, or breakpoints) Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1877 · Aperta il 16/9/2026
Search - gene level variants Aperta

SACGF/variantgrid#1876 · 1 assegnatario · Aperta il 16/9/2026
TSO 500 splice calls: represent RNA junctions as their own thing, not genomic <DEL>s Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

SACGF/variantgrid#1875 · 1 commento · Aperta il 15/9/2026
Case report Word generation: monospaced Results Summary and DRAFT banner Aperta

SACGF/variantgrid#1874 · 1 assegnatario · Aperta il 15/9/2026
TSO 500 case report: manual pass over the printed document (HTML/PDF) Aperta

SACGF/variantgrid#1873 · 1 assegnatario · Aperta il 15/9/2026
Shariant JSON API returning HTML Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1872 · 3 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 15/9/2026
Gene fusions: classification equivalence/discordance and breakend (BND) representation, deferred from #1506 Aperta

somatic

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SACGF/variantgrid#1871 · Aperta il 14/9/2026
Patient CSV cannot name the DNA and RNA arms of one specimen Aperta

Has Plan Patients

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

SACGF/variantgrid#1870 · Aperta il 14/9/2026
Patient API is still served on Shariant: URLS_NAME_REGISTER does not gate router URLs Aperta

API Has Plan Patients

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100

SACGF/variantgrid#1869 · Aperta il 14/9/2026
Analysis node CSV export: plain .csv with a shorter filename Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100

SACGF/variantgrid#1866 · Aperta il 14/9/2026
Patient code over name Aperta

SACGF/variantgrid#1860 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 10/9/2026
Speed up the unit test suite v2: setUpTestData deep-copies, audit tests, timing runner Aperta

optimisation

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

SACGF/variantgrid#1858 · Aperta il 10/9/2026
Analysis Nodes with samples - dealing with SampleNode patient (multiple samples) Aperta

SACGF/variantgrid#1855 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 9/9/2026
MME - MatchMakerExchange - tags and view of queries Aperta

enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SACGF/variantgrid#1852 · Aperta il 9/9/2026
Fusion gene overlap: renamed symbol side and annotation race lose the 5' partner from gene lists Aperta

Annotation Gene Has Test Case

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1851 · Aperta il 9/9/2026
somalier_existing_vcfs: batch ancestry across VCFs and fan extracts out to celery Aperta

Has Plan

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1850 · Aperta il 9/9/2026
Related samples table is not permission filtered - names samples the user can't view Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1843 · Aperta il 8/9/2026
Somalier - skip ancestry/relate for VCFs below a minimum number of genotyped sites Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1842 · Aperta il 8/9/2026
Gene Amplifications Aperta

SACGF/variantgrid#1836 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 7/9/2026
Gene-level Classifications (Fusions, Amp, splicing) Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 58/100

SACGF/variantgrid#1835 · 3 commenti · Aperta il 7/9/2026
Front page - Update images of analysis nodes Aperta

SACGF/variantgrid#1824 · 1 assegnatario · Aperta il 3/9/2026
Benchmark Postgres join_collapse_limit on variantgrid.com and SA Path VG4 test Aperta

Analysis

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

SACGF/variantgrid#1821 · 3 commenti · Aperta il 1/9/2026
Agent-legible VariantGrid: knowledge layers, vg introspection commands, verification loops, .claude harness Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 28/100

SACGF/variantgrid#1816 · Aperta il 31/8/2026
GeneGrid: replace hand-rolled table JS with Tabulator Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1811 · Aperta il 31/8/2026
Cohort node - minimum sample count per gene (not per variant) Aperta

Analysis

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100

SACGF/variantgrid#1807 · Aperta il 31/8/2026
Variant details samples grid - IGV link per sample, loading that sample's BAM Aperta

Variant Details

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 68/100

SACGF/variantgrid#1805 · Aperta il 31/8/2026
Gene page: classification summary counts Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 70/100

SACGF/variantgrid#1803 · Aperta il 31/8/2026
Remaining duplicate implementations: annotation, snpdb, and cross-app pairs Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

SACGF/variantgrid#1801 · Aperta il 31/8/2026
Duplicate implementations in the classification app (two of them dead, drifted code) Aperta

Wait for Merge

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 35/100

SACGF/variantgrid#1796 · Aperta il 30/8/2026
Dead code sweep: 77 unreferenced Python symbols, 5 templates, 49 static assets, and two dormant subsystems Aperta

Wait for Merge

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 32/100

SACGF/variantgrid#1795 · Aperta il 30/8/2026
Analysis: dedicated Structural Variant node for AnnotSV columns Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 45/100

SACGF/variantgrid#1793 · 1 commento · Aperta il 28/8/2026
Download cut-down jQuery UI and Plotly builds (~2.5MB of unused JS shipped) Aperta

Refactoring

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 58/100

SACGF/variantgrid#1790 · 3 commenti · Aperta il 28/8/2026
Analysis nodes: variant type, variant identifiers, classification/ClinVar filtering Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

SACGF/variantgrid#1789 · 4 commenti · Aperta il 28/8/2026
Web request concurrency: gunicorn runs 8 sync workers — evaluate gthread (and why not async Django) Aperta

Deployment enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 48/100

SACGF/variantgrid#1786 · Aperta il 27/8/2026
Classification upload API: run condition text automatch async, batched after accepting the upload Aperta

SACGF/variantgrid#1780 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 26/8/2026
Incremental (since=) classification export scans the entire table — no-op Shariant sync takes ~50s Aperta

SACGF/variantgrid#1778 · 1 commento · 1 assegnatario · Aperta il 26/8/2026

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