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SACGF

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variantgrid
VariantGrid public repo

Python · スター 31 個

初心者向けすべて

オープンすべて

Knowledge-base backing for gene-level splice variants (known isoforms: AR-V7, EGFRvIII, MET exon 14 skipping) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1909 · コメント 1 件 · 2026年9月23日に作成
IGV links for gene-level splice variants, from the caller's breakpoints in the splice observation オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

SACGF/variantgrid#1908 · 2026年9月23日に作成
Rename EffectiveDateType.CURATED => CLASSIFIED オープン

Refactoring

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 75/100

SACGF/variantgrid#1907 · 2026年9月23日に作成
Prune global.scss and split it into partials by concern オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1906 · コメント 1 件 · 2026年9月23日に作成
Store the DRAGEN TSO500 CombinedVariantOutput as a seqauto record - TMB/MSI/GIS are results of one analysis, not properties of the specimen オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1904 · 2026年9月23日に作成
Import SpliceGirl SpliceVariants.vcf as gene-level splice variants, and stop taking variants from the CombinedVariantOutput オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1903 · コメント 1 件 · 2026年9月23日に作成
Gene-level variants: c.HGVS / g.HGVS spacing and 'splice' suffix オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 65/100

SACGF/variantgrid#1902 · 2026年9月23日に作成
Show resolved variant tags as a TagConfigCollection setting, so a lab can keep the 'scan SomaticReportable in other analyses' workflow オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

SACGF/variantgrid#1901 · 2026年9月23日に作成
Classify & Report - classifying a patient level tag picks an arbitrary sample, leaving zygosity blank オープン

SACGF/variantgrid#1899 · 担当者 1 名 · 2026年9月22日に作成
Somatic classification validation says "Classification requires a value" when Somatic Clinical Significance would satisfy it オープン

SACGF/variantgrid#1893 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月22日に作成
Related data - analysis - Patient - SampleNode doesn't show through patient オープン

SACGF/variantgrid#1889 · 担当者 1 名 · 2026年9月21日に作成
Analysis template - samplenode filters are not being applied correctly オープン

Analysis Templates

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 68/100

SACGF/variantgrid#1886 · 2026年9月18日に作成
SampleNode editor: FILTER checkboxes ambiguous - one per line with descriptions オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 74/100

SACGF/variantgrid#1884 · 2026年9月18日に作成
Classification grids show matched variants without c.HGVS as 'not resolved' オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

SACGF/variantgrid#1878 · 2026年9月17日に作成
Splice events: describe the junction behind a label (transcript + exons, or breakpoints) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1877 · 2026年9月16日に作成
Search - gene level variants オープン

SACGF/variantgrid#1876 · 担当者 1 名 · 2026年9月16日に作成
TSO 500 splice calls: represent RNA junctions as their own thing, not genomic <DEL>s オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

SACGF/variantgrid#1875 · コメント 1 件 · 2026年9月15日に作成
Case report Word generation: monospaced Results Summary and DRAFT banner オープン

SACGF/variantgrid#1874 · 担当者 1 名 · 2026年9月15日に作成
TSO 500 case report: manual pass over the printed document (HTML/PDF) オープン

SACGF/variantgrid#1873 · 担当者 1 名 · 2026年9月15日に作成
Shariant JSON API returning HTML オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1872 · コメント 3 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月15日に作成
Gene fusions: classification equivalence/discordance and breakend (BND) representation, deferred from #1506 オープン

somatic

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SACGF/variantgrid#1871 · 2026年9月14日に作成
Patient CSV cannot name the DNA and RNA arms of one specimen オープン

Has Plan Patients

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

SACGF/variantgrid#1870 · 2026年9月14日に作成
Patient API is still served on Shariant: URLS_NAME_REGISTER does not gate router URLs オープン

API Has Plan Patients

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 70/100

SACGF/variantgrid#1869 · 2026年9月14日に作成
Analysis node CSV export: plain .csv with a shorter filename オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 70/100

SACGF/variantgrid#1866 · 2026年9月14日に作成
Patient code over name オープン

SACGF/variantgrid#1860 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月10日に作成
Speed up the unit test suite v2: setUpTestData deep-copies, audit tests, timing runner オープン

optimisation

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

SACGF/variantgrid#1858 · 2026年9月10日に作成
Analysis Nodes with samples - dealing with SampleNode patient (multiple samples) オープン

SACGF/variantgrid#1855 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月9日に作成
MME - MatchMakerExchange - tags and view of queries オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SACGF/variantgrid#1852 · 2026年9月9日に作成
Fusion gene overlap: renamed symbol side and annotation race lose the 5' partner from gene lists オープン

Annotation Gene Has Test Case

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1851 · 2026年9月9日に作成
somalier_existing_vcfs: batch ancestry across VCFs and fan extracts out to celery オープン

Has Plan

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1850 · 2026年9月9日に作成
Related samples table is not permission filtered - names samples the user can't view オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1843 · 2026年9月8日に作成
Somalier - skip ancestry/relate for VCFs below a minimum number of genotyped sites オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1842 · 2026年9月8日に作成
Gene Amplifications オープン

SACGF/variantgrid#1836 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月7日に作成
Gene-level Classifications (Fusions, Amp, splicing) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 58/100

SACGF/variantgrid#1835 · コメント 3 件 · 2026年9月7日に作成
Front page - Update images of analysis nodes オープン

SACGF/variantgrid#1824 · 担当者 1 名 · 2026年9月3日に作成
Benchmark Postgres join_collapse_limit on variantgrid.com and SA Path VG4 test オープン

Analysis

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

SACGF/variantgrid#1821 · コメント 3 件 · 2026年9月1日に作成
Agent-legible VariantGrid: knowledge layers, vg introspection commands, verification loops, .claude harness オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 28/100

SACGF/variantgrid#1816 · 2026年8月31日に作成
GeneGrid: replace hand-rolled table JS with Tabulator オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1811 · 2026年8月31日に作成
Cohort node - minimum sample count per gene (not per variant) オープン

Analysis

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

SACGF/variantgrid#1807 · 2026年8月31日に作成
Variant details samples grid - IGV link per sample, loading that sample's BAM オープン

Variant Details

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 68/100

SACGF/variantgrid#1805 · 2026年8月31日に作成
Gene page: classification summary counts オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 70/100

SACGF/variantgrid#1803 · 2026年8月31日に作成
Remaining duplicate implementations: annotation, snpdb, and cross-app pairs オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

SACGF/variantgrid#1801 · 2026年8月31日に作成
Duplicate implementations in the classification app (two of them dead, drifted code) オープン

Wait for Merge

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

SACGF/variantgrid#1796 · 2026年8月30日に作成
Dead code sweep: 77 unreferenced Python symbols, 5 templates, 49 static assets, and two dormant subsystems オープン

Wait for Merge

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 32/100

SACGF/variantgrid#1795 · 2026年8月30日に作成
Analysis: dedicated Structural Variant node for AnnotSV columns オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

SACGF/variantgrid#1793 · コメント 1 件 · 2026年8月28日に作成
Download cut-down jQuery UI and Plotly builds (~2.5MB of unused JS shipped) オープン

Refactoring

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 58/100

SACGF/variantgrid#1790 · コメント 3 件 · 2026年8月28日に作成
Analysis nodes: variant type, variant identifiers, classification/ClinVar filtering オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

SACGF/variantgrid#1789 · コメント 4 件 · 2026年8月28日に作成
Web request concurrency: gunicorn runs 8 sync workers — evaluate gthread (and why not async Django) オープン

Deployment enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

SACGF/variantgrid#1786 · 2026年8月27日に作成
Classification upload API: run condition text automatch async, batched after accepting the upload オープン

SACGF/variantgrid#1780 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年8月26日に作成
Incremental (since=) classification export scans the entire table — no-op Shariant sync takes ~50s オープン

SACGF/variantgrid#1778 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年8月26日に作成

SACGF

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