Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Structure Library: check, reorganise, π-ligands, navigation

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#327 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
18/100
Loại issue
Tái cấu trúc
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
linux, macos
Lĩnh vực
data, desktop-dev, documentation, testing

Hướng nghiên cứu

This is a multi-part maintainer plan, not a single task: start by reading the structure files under the SimpleStructures and Ligands folders, and the two found-so-far fixes (2fa576a1, e36bc6aa), to see the file format. The first deliverable is the validation script over all 338 files, run as a test, whose findings are reported before any repair. Done means each listed category is covered and the findings are documented; the layout, ligand split, and navigation changes depend on #325 and should be coordinated with the maintainers first.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Collected from testing on 2026-10-14. One job, after #321 item 9.

1. Check every structure. A validation script over all 338 files, run as a test: bond lengths against covalent radii (missing or extra bonds), valences, overlapping atoms, charge against formula, stray nubs. Found so far by hand: ferrocene bonded Fe to one ring only (fixed in 2fa576a1), NoConverge (a PNNL test case, removed in e36bc6aa). The script's findings are listed before anything is repaired.

2. Layout. The "2" folders (Miscellaneous2, Simple_arenes2, Simple_heterocyclic_compounds2) are alphabetical halves, not topics; Miscellaneous is a mix; ferrocene sits under arenes. Proposed for SimpleStructures: small molecules and solvents; hydrocarbons; alcohols, ethers and carbonyls; acids; arenes; heterocycles; organometallics; natural products (alkaloids, steroids, hormones, vitamins). Teaching: diatomics plus the VSEPR set (SF4, ClF3, PF5, ...). Amino acids, DNA, RNA unchanged.

3. Duplicates and names. Ethene/Ethylene, Acetylene/Ethyne; NH3 and H2O both in Miscellaneous2 and Ligands. Names: Methanole → Methanol, Maleinic_Acid → Maleic acid, h2o, n_Butyric_Acid, Dimethylsulfoxide spelling.

4. Ligands split in two.

  • "Ligands (σ-donors)": a nub on each donor atom (bipy, acac, en, phen, PPh3, PMe3, CO, CN⁻, NH3, H2O, pyridine, oxalate), with abbreviations in the names.
  • New "π-ligands", no nubs, η in each name: Cp⁻ (η5), Cp*⁻ (η5), indenyl⁻ (η5/η3), benzene, hexamethylbenzene, p-cymene (η6), C7H7⁺ (η7), COT²⁻ (η8), allyl⁻ (η3), 1,3-butadiene (η4), ethene (η2), acetylene and diphenylacetylene (η2), COD and NBD (2 × η2), dba (η2). Each with a test that it attaches with that hapticity (#325).
  • Check first that Greek letters and superscripts in folder and file names display on Linux, Windows and macOS; otherwise ASCII ("Pi ligands", "eta5").

5. Hapticity rule extension (#325). A picked atom in a planar conjugated sp2 chain bonds the whole chain (allyl η3, butadiene η4); isolated C=C stay η2 (COD, NBD: two attachments, one nub each).

6. Navigation. The Structure Library's drop-down lists only the top-level categories: inside SimpleStructures/Simple_arenes it offers RNA, DNA etc., not the other SimpleStructures subfolders. Replace with a tree (folders expandable) or a two-level choice, and add a search field matching names and abbreviations (Cp, acac, bipy, COD).

7. Help: update pages that name library folders (Molecules for teaching).

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Merge trung bình
21 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.