Structure Library: check, reorganise, π-ligands, navigation
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評価
- 難易度
- 5/5
- 見積もり時間
- 1週間以上
- 初心者へのやさしさ
- 18/100
- issue の種類
- リファクタリング
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 活発
- 技術スタック
- linux, macos
- 領域
- data, desktop-dev, documentation, testing
調査の方向性
This is a multi-part maintainer plan, not a single task: start by reading the structure files under the SimpleStructures and Ligands folders, and the two found-so-far fixes (2fa576a1, e36bc6aa), to see the file format. The first deliverable is the validation script over all 338 files, run as a test, whose findings are reported before any repair. Done means each listed category is covered and the findings are documented; the layout, ligand split, and navigation changes depend on #325 and should be coordinated with the maintainers first.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Collected from testing on 2026-10-14. One job, after #321 item 9.
1. Check every structure. A validation script over all 338 files, run as a test: bond lengths against covalent radii (missing or extra bonds), valences, overlapping atoms, charge against formula, stray nubs. Found so far by hand: ferrocene bonded Fe to one ring only (fixed in 2fa576a1), NoConverge (a PNNL test case, removed in e36bc6aa). The script's findings are listed before anything is repaired.
2. Layout. The "2" folders (Miscellaneous2, Simple_arenes2, Simple_heterocyclic_compounds2) are alphabetical halves, not topics; Miscellaneous is a mix; ferrocene sits under arenes. Proposed for SimpleStructures: small molecules and solvents; hydrocarbons; alcohols, ethers and carbonyls; acids; arenes; heterocycles; organometallics; natural products (alkaloids, steroids, hormones, vitamins). Teaching: diatomics plus the VSEPR set (SF4, ClF3, PF5, ...). Amino acids, DNA, RNA unchanged.
3. Duplicates and names. Ethene/Ethylene, Acetylene/Ethyne; NH3 and H2O both in Miscellaneous2 and Ligands. Names: Methanole → Methanol, Maleinic_Acid → Maleic acid, h2o, n_Butyric_Acid, Dimethylsulfoxide spelling.
4. Ligands split in two.
- "Ligands (σ-donors)": a nub on each donor atom (bipy, acac, en, phen, PPh3, PMe3, CO, CN⁻, NH3, H2O, pyridine, oxalate), with abbreviations in the names.
- New "π-ligands", no nubs, η in each name: Cp⁻ (η5), Cp*⁻ (η5), indenyl⁻ (η5/η3), benzene, hexamethylbenzene, p-cymene (η6), C7H7⁺ (η7), COT²⁻ (η8), allyl⁻ (η3), 1,3-butadiene (η4), ethene (η2), acetylene and diphenylacetylene (η2), COD and NBD (2 × η2), dba (η2). Each with a test that it attaches with that hapticity (#325).
- Check first that Greek letters and superscripts in folder and file names display on Linux, Windows and macOS; otherwise ASCII ("Pi ligands", "eta5").
5. Hapticity rule extension (#325). A picked atom in a planar conjugated sp2 chain bonds the whole chain (allyl η3, butadiene η4); isolated C=C stay η2 (COD, NBD: two attachments, one nub each).
6. Navigation. The Structure Library's drop-down lists only the top-level categories: inside SimpleStructures/Simple_arenes it offers RNA, DNA etc., not the other SimpleStructures subfolders. Replace with a tree (folders expandable) or a two-level choice, and add a search field matching names and abbreviations (Cp, acac, bipy, COD).
7. Help: update pages that name library folders (Molecules for teaching).
- 主要言語
- C
- スター
- 10
- フォーク
- 8
- 平均マージ
- 21分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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