PEtab extension for NLME
Ninguém assumiu esta issue ainda.
Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Status de atividade
- Estagnada
- Domínio
- data
Direção de pesquisa
Start with the linked Google spreadsheet and the PEtab format context in this issue; no repository files or tests are identified. Clarify supported NLME use cases and agree on the extension's scope before locating implementation and validation work.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Which problem would you like to address? Please describe.
Currently, PEtab does not allow to express nonlinear mixed effects models (i.e containing fixed (population) and random (patient-specific) effects). These models are very common to represent inter-patient variability in pharmacological models. IIUC, such models are often represented in software like NONMEM, which was developed in the late 70s. I believe the field could benefit from a software independent model storage and exchange format.
Describe the solution you would like
In this spreadsheet, I have summarised a suggestion for a PEtab extension to introduce random effects in addition to the current format, which only allows to express fixed effects (happy to jump on a brief call to discuss in person).
Describe alternatives you have considered
There is a format called PharmML (Fig 2 here), which can express mixed effects, too. However, I don't think it is widely used yet, perhaps because the XML format is hard for humans to read and understand.
Additional context
I have no experience with NLME. While I have briefly discussed the suggestion linked in the spreadsheet with NLME experts, it would be good to get broader insight into a variety of use cases.
- Linguagem predominante
- Sem dados de linguagem
- Estrelas
- 67
- Forks
- 16
- Merge médio
- 5d 9h
- PRs com merge (30d)
- 3
Preparar o ambiente
- Sem Dockerfile nem arquivo Docker Compose
- Sem modelo de pull request
- Ler o guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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