PEtab extension for NLME
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
Bewertung
- Schwierigkeit
- 5/5
- Geschätzter Aufwand
- Über eine Woche
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100
- Issue-Typ
- Feature
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Bereich
- data
Rechercherichtung
Start with the linked Google spreadsheet and the PEtab format context in this issue; no repository files or tests are identified. Clarify supported NLME use cases and agree on the extension's scope before locating implementation and validation work.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Beschreibung
Which problem would you like to address? Please describe.
Currently, PEtab does not allow to express nonlinear mixed effects models (i.e containing fixed (population) and random (patient-specific) effects). These models are very common to represent inter-patient variability in pharmacological models. IIUC, such models are often represented in software like NONMEM, which was developed in the late 70s. I believe the field could benefit from a software independent model storage and exchange format.
Describe the solution you would like
In this spreadsheet, I have summarised a suggestion for a PEtab extension to introduce random effects in addition to the current format, which only allows to express fixed effects (happy to jump on a brief call to discuss in person).
Describe alternatives you have considered
There is a format called PharmML (Fig 2 here), which can express mixed effects, too. However, I don't think it is widely used yet, perhaps because the XML format is hard for humans to read and understand.
Additional context
I have no experience with NLME. While I have briefly discussed the suggestion linked in the spreadsheet with NLME experts, it would be good to get broader insight into a variety of use cases.
- Vorherrschende Sprache
- Keine Sprachdaten
- Sterne
- 67
- Forks
- 16
- Ø Merge
- 1 T. 19 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 1
Entwicklungsumgebung
- Kein Dockerfile und keine Docker-Compose-Datei
- Keine Pull-Request-Vorlage
- Beitragsleitfaden lesen
Erste Schritte
- Lesen Sie das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreiben Sie ins Issue, dass Sie es übernehmen — das erspart doppelte Arbeit.
- Forken Sie das Repository und arbeiten Sie in einem Branch.
- Öffnen Sie einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
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