PEtab extension for NLME
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Valutazione
- Difficoltà
- 5/5
- Tempo stimato
- Più di una settimana
- Idoneità per principianti
- 25/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Ferma
- Ambito
- data
Direzione di ricerca
Start with the linked Google spreadsheet and the PEtab format context in this issue; no repository files or tests are identified. Clarify supported NLME use cases and agree on the extension's scope before locating implementation and validation work.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Which problem would you like to address? Please describe.
Currently, PEtab does not allow to express nonlinear mixed effects models (i.e containing fixed (population) and random (patient-specific) effects). These models are very common to represent inter-patient variability in pharmacological models. IIUC, such models are often represented in software like NONMEM, which was developed in the late 70s. I believe the field could benefit from a software independent model storage and exchange format.
Describe the solution you would like
In this spreadsheet, I have summarised a suggestion for a PEtab extension to introduce random effects in addition to the current format, which only allows to express fixed effects (happy to jump on a brief call to discuss in person).
Describe alternatives you have considered
There is a format called PharmML (Fig 2 here), which can express mixed effects, too. However, I don't think it is widely used yet, perhaps because the XML format is hard for humans to read and understand.
Additional context
I have no experience with NLME. While I have briefly discussed the suggestion linked in the spreadsheet with NLME experts, it would be good to get broader insight into a variety of use cases.
- Lingua principale
- Nessun dato sulla lingua
- Stelle
- 67
- Fork
- 16
- Merge medio
- 1g 19h
- PR unite (30g)
- 1
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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