PEtab extension for NLME
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 5/5
- Thời gian dự kiến
- Hơn một tuần
- Mức phù hợp với người mới
- 25/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Lĩnh vực
- data
Hướng nghiên cứu
Start with the linked Google spreadsheet and the PEtab format context in this issue; no repository files or tests are identified. Clarify supported NLME use cases and agree on the extension's scope before locating implementation and validation work.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Which problem would you like to address? Please describe.
Currently, PEtab does not allow to express nonlinear mixed effects models (i.e containing fixed (population) and random (patient-specific) effects). These models are very common to represent inter-patient variability in pharmacological models. IIUC, such models are often represented in software like NONMEM, which was developed in the late 70s. I believe the field could benefit from a software independent model storage and exchange format.
Describe the solution you would like
In this spreadsheet, I have summarised a suggestion for a PEtab extension to introduce random effects in addition to the current format, which only allows to express fixed effects (happy to jump on a brief call to discuss in person).
Describe alternatives you have considered
There is a format called PharmML (Fig 2 here), which can express mixed effects, too. However, I don't think it is widely used yet, perhaps because the XML format is hard for humans to read and understand.
Additional context
I have no experience with NLME. While I have briefly discussed the suggestion linked in the spreadsheet with NLME experts, it would be good to get broader insight into a variety of use cases.
- Ngôn ngữ chính
- Không có dữ liệu ngôn ngữ
- Star
- 67
- Fork
- 16
- Merge trung bình
- 1 ngày 19 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 1
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của PEtab-dev/PEtab
-
v2: Allow infinite `nominalValue`Có thể đã có người làm @dweindl đã nhận 2 ngày trước. Đang mở
Độ khó 4/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 55/100
PEtab-dev/PEtab#685 · 1 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
-
v2
Độ khó 4/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100
-
Docs: v1→v2 migration guide (incl. parameter scaling) and comparing objective values across toolsCó thể đã có người làm @dweindl đã nhận 12 ngày trước. Đang mởdocumentation
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
-
Poisson and negative binomial distributions for parameter priors and noise modelsCó thể đã có người làm @dweindl đã nhận 328 ngày trước. Đang mởv2
PEtab-dev/PEtab#653 · 3 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
Tất cả issue của PEtab-dev/PEtab
Issue tương tự
-
ReadBufferStream.addBuffer adds the full ArrayBuffer of a typed array view, and ignores its byteOffsetCó thể đã có người làm @wayfarer3130 đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
UKGovernmentBEIS/optstop#10 ·
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
cairndev-sh/cairn#225 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 77/100
-
good first issue task workshop-1
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 90/100