Hacktoberfest 2026: as issues que os mantenedores marcaram para outubro, abertas e boas para iniciantes. Ver issues do Hacktoberfest

Reaction studies: smoke test, clearer names, and what replaces DirDyVTST (2008)

Aberta
  • Algo errado?
#330 3 comentários 0 reações 0 responsáveis Ver no GitHub

Ninguém assumiu esta issue ainda.

Avaliação

Dificuldade
4/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
15/100
Tipo de issue
Refatoração
Clareza
Razoavelmente clara
Status de atividade
Ativa
Stack de tecnologia
c
Domínio
desktop

Direção de pesquisa

Start with the GUI suite, which only checks that the Gas Phase and Condensed Phase study editors open, and with the DirDyVTST, Polyrate and MetaDyn task editors the issue names. Create each study, open every task editor, generate the input, and run a small case only where a code is installed. Done means both study types run end to end, and the DirDyVTST keep/rebuild/hide decision is recorded on the issue (see #221 and #62).

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

The two reaction study types have not been run end to end in this fork; the GUI suite only checks that their editors open.

  • Gas Phase Reaction Study: reactants, products and transition state, DirDyVTST (dirdyed) with NWChem, and the Polyrate editor for rate constants.
  • Condensed Phase Reaction Study: one Solvate task (Solvation Editor), then chained Metadynamics tasks (the MetaDyn registration: NWChem plane-wave PSPW, Car-Parrinello only).

Status of the external programs

  • DirDyVTST: last version 2008, and it is listed among the programs no longer distributed from the University of Minnesota.
  • Polyrate 17-C (2018, manual 2022): Apache 2.0. It reaches electronic-structure codes through interface programs (Gaussrate, Nwchemrate, ...). There is none for ORCA, and interfaces from before 2016 do not work with it.
  • Pilgrim 2.0 (2020): MIT, Python, the same group. It does VTST with SCT tunnelling, multi-structural VTST, dual-level ISPE and kinetic Monte Carlo. Which codes it reads still has to be checked.

To do

  1. Smoke test of both study types: create the study, open each task's editor, generate the input, and run a small case where a code is available.
  2. Names that say what is computed, e.g. "Reaction Rates (VTST)" and "Reaction in Solution (Metadynamics)".
  3. Decide between keeping DirDyVTST, rebuilding the study on Pilgrim or on Polyrate with Gaussrate (ORCA/Gaussian instead of NWChem), or hiding it. The condensed phase study could take CP2K AIMD/metadynamics as a second code (#329).

Related: #221 (DirDyVTST editor redesign), #62 (DirDyGauss).

Linguagem predominante
C
Estrelas
10
Forks
8
Merge médio
21min
PRs com merge (30d)
1

Preparar o ambiente

Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.

Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

Mais de FriendsofECCE/ECCE

Todas as issues de FriendsofECCE/ECCE

Issues semelhantes

Mais issues de C

Receba novas issues na sua caixa de entrada

Um resumo curto de issues do GitHub para quem está começando.