Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Reaction studies: smoke test, clearer names, and what replaces DirDyVTST (2008)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#330 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
15/100
Loại issue
Tái cấu trúc
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
c
Lĩnh vực
desktop

Hướng nghiên cứu

Start with the GUI suite, which only checks that the Gas Phase and Condensed Phase study editors open, and with the DirDyVTST, Polyrate and MetaDyn task editors the issue names. Create each study, open every task editor, generate the input, and run a small case only where a code is installed. Done means both study types run end to end, and the DirDyVTST keep/rebuild/hide decision is recorded on the issue (see #221 and #62).

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

The two reaction study types have not been run end to end in this fork; the GUI suite only checks that their editors open.

  • Gas Phase Reaction Study: reactants, products and transition state, DirDyVTST (dirdyed) with NWChem, and the Polyrate editor for rate constants.
  • Condensed Phase Reaction Study: one Solvate task (Solvation Editor), then chained Metadynamics tasks (the MetaDyn registration: NWChem plane-wave PSPW, Car-Parrinello only).

Status of the external programs

  • DirDyVTST: last version 2008, and it is listed among the programs no longer distributed from the University of Minnesota.
  • Polyrate 17-C (2018, manual 2022): Apache 2.0. It reaches electronic-structure codes through interface programs (Gaussrate, Nwchemrate, ...). There is none for ORCA, and interfaces from before 2016 do not work with it.
  • Pilgrim 2.0 (2020): MIT, Python, the same group. It does VTST with SCT tunnelling, multi-structural VTST, dual-level ISPE and kinetic Monte Carlo. Which codes it reads still has to be checked.

To do

  1. Smoke test of both study types: create the study, open each task's editor, generate the input, and run a small case where a code is available.
  2. Names that say what is computed, e.g. "Reaction Rates (VTST)" and "Reaction in Solution (Metadynamics)".
  3. Decide between keeping DirDyVTST, rebuilding the study on Pilgrim or on Polyrate with Gaussrate (ORCA/Gaussian instead of NWChem), or hiding it. The condensed phase study could take CP2K AIMD/metadynamics as a second code (#329).

Related: #221 (DirDyVTST editor redesign), #62 (DirDyGauss).

Ngôn ngữ chính
C
Star
10
Fork
8
Merge trung bình
21 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
1

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của FriendsofECCE/ECCE

Tất cả issue của FriendsofECCE/ECCE

Issue tương tự

Thêm issue về C

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.