GROMACS editor after a run: internal file names, stale status, developer text
Ninguém assumiu esta issue ainda.
Avaliação
- Dificuldade
- 2/5
- Tempo estimado
- 1-3 horas
- Facilidade para iniciantes
- 70/100
Direção de pesquisa
Comece em ResourceUtils.C, onde é montado o nome de arquivo do content-type ecceSession_ecceMdOptimize.gro, e em GromacsInputsPanel::refresh, onde a linha de status é definida. Verifique como o editor exibe o nome do arquivo anexado e o nome da topologia, e onde está o texto do parágrafo introdutório. Está pronto quando a aba Inputs mostra em.gro e processed.top como anexados, o status após a execução informa que as entradas ficam fixas até o Reset, e a introdução mantém apenas suas duas primeiras frases.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
Seen 2026-10-15 in the GROMACS MD Optimize editor after a finished minimisation (Inputs tab, read only).
- Starting structure shows ecceSession_ecceMdOptimize.gro, a name built from the content type (ResourceUtils.C), instead of the attached file's name (em.gro). The editor should keep showing the name the user attached.
- Status line still reads "Ready: a topology and a starting structure are attached." (GromacsInputsPanel::refresh). After a run it should say the calculation has run and its inputs are fixed until Reset.
- Topology shows processed.gmxtop, the internal storage name; show processed.top, as attached.
- The intro paragraph includes developer detail ("A topology is kept as .gmxtop so it cannot be mistaken for an NWChem topology; the job still sees it as topol.top."). Keep the first two sentences.
For the GROMACS round, with #334.
- Linguagem predominante
- C
- Estrelas
- 10
- Forks
- 8
- Merge médio
- 21min
- PRs com merge (30d)
- 1
Preparar o ambiente
Este projeto não oferece contêiner de desenvolvimento, Dockerfile nem guia de contribuição, então a configuração fica por sua conta: comece pelo README e veja nosso guia da primeira contribuição para os passos gerais.
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
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