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AllenCell

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core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer

TypeScript · 106 estrelas
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High quality visualization for volumetric image data

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Python · 32 estrelas
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Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow

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Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper

Jupyter Notebook · 24 estrelas
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A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science

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Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states

Python · 2 estrelas
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Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer

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This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.

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Cell catalog 2.0

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Para iniciantes Tudo

Abertas Todas

use zenodo API Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/idea-board#141 · Aberta em 21/9/2026
Move from Mailgun to Make Aberta

AllenCell/idea-board#136 · 1 responsável · Aberta em 16/9/2026
EPIC: Contact Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

AllenCell/idea-board#135 · Aberta em 16/9/2026
Decouple color and opacity Aberta

bug enhancement milestone candidate

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

AllenCell/vole-core#476 · 1 comentário · Aberta em 15/9/2026
Enable opacity for connecting lines Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 65/100

AllenCell/cell-feature-explorer#306 · 1 comentário · 1 responsável · Aberta em 10/9/2026
Document all EventDispatchers Aberta

Tech Debt

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 72/100

AllenCell/vole-core#471 · 1 responsável · Aberta em 9/9/2026
Public API to add an idea via a backend service Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

AllenCell/idea-board#123 · 1 responsável · Aberta em 2/9/2026
Redesign to have "how to start working on this" Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

AllenCell/idea-board#122 · 1 responsável · Aberta em 2/9/2026
Add fields to idea data model Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/idea-board#121 · 1 responsável · Aberta em 2/9/2026
new resource types Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

AllenCell/idea-board#119 · 1 responsável · Aberta em 1/9/2026
`vole-core` v5 major release Aberta

enhancement

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

AllenCell/vole-core#462 · Aberta em 1/9/2026
Load files from parent folders in `tfe-open` Aberta

internals new feature

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/tfe-data#110 · 3 comentários · Aberta em 1/9/2026
test Aberta

bug

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 10/100

AllenCell/idea-board#117 · Aberta em 27/8/2026
Missing link to access Cookies Setting Aberta

bug

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 72/100

AllenCell/cell-feature-explorer#304 · Aberta em 18/8/2026
Expand/collapse the list of values in the group by and color by panels Aberta

enhancement

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#299 · 1 reação · Aberta em 11/8/2026
Refactor `plot_2d_latent_walk` Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

AllenCell/endothelial-pipeline#1827 · Aberta em 3/8/2026
CMS publishes all PRs under Megan's name Aberta

bug

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

AllenCell/idea-board#110 · 2 comentários · 1 responsável · Aberta em 22/7/2026
Failing to build on osx. Aberta

bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

AllenCell/agave#395 · 8 comentários · Aberta em 14/7/2026
fully self contained python client Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/agave#394 · Aberta em 4/7/2026
optimizations for websocket streaming Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 45/100

AllenCell/agave#393 · 1 comentário · Aberta em 2/7/2026
Updates based on UX review of popup hint Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#289 · 1 responsável · Aberta em 4/6/2026
Feature request: expose mesh-based API (get_shcoeffs_from_mesh / get_shcoeffs_from_vertices_faces) Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/aics-shparam#23 · 1 comentário · Aberta em 2/6/2026
Set of dependencies/files to keep/delete Aberta

AllenCell/cyto-dl#507 · 4 comentários · 5 responsáveis · Aberta em 1/6/2026
Remove instances of dynamically generating manifest names in favor of constants Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/endothelial-pipeline#1645 · 3 comentários · Aberta em 23/5/2026
Could consider gradient on color circles at the poles Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

AllenCell/agave#365 · Aberta em 21/5/2026
Maybe add icons for sky light stuff (e.g. rotate) above viewer Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/agave#364 · Aberta em 21/5/2026
Consider adding secondary Y axis value(s) Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

AllenCell/agave#361 · Aberta em 21/5/2026
Bug: histogram not updating live (at first) Aberta

bug

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 20/100

AllenCell/agave#360 · Aberta em 21/5/2026
python client: use logging instead of print Aberta

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 68/100

AllenCell/agave#353 · Aberta em 19/5/2026
allow non-ascii characters for commands that take string arguments Aberta

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 42/100

AllenCell/agave#352 · Aberta em 19/5/2026
Single JSON collection for contact list Aberta

AllenCell/idea-board#97 · 1 responsável · Aberta em 12/5/2026
Move the pick buffer out of `PickVolume` Aberta

Tech Debt

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 55/100

AllenCell/vole-core#414 · Aberta em 8/5/2026
Add a class to move responsibility for `IDrawableObjects` out of `VolumeDrawable` Aberta

Tech Debt

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 42/100

AllenCell/vole-core#413 · 1 comentário · Aberta em 8/5/2026
Make `VolumeRenderImpl` a subtype of `IDrawableObject` Aberta

Tech Debt

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 52/100

AllenCell/vole-core#412 · Aberta em 8/5/2026
Remove direct external access to `IDrawableObject`s Aberta

Tech Debt

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/vole-core#411 · Aberta em 8/5/2026
Update `ColorizeFeature` type to remove `three` types. Aberta

Tech Debt

Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 68/100

AllenCell/vole-core#410 · Aberta em 8/5/2026
Remove all `three` types from `vole-core` API Aberta

Tech Debt

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

AllenCell/vole-core#409 · Aberta em 8/5/2026
Render to pick buffer in main mesh pass Aberta

Tech Debt

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

AllenCell/vole-core#404 · 1 comentário · Aberta em 5/5/2026
Switch to `WebGPURenderer` Aberta

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

AllenCell/vole-core#401 · Aberta em 28/4/2026
Race condition in `promote.yml` causes deploys to be skipped Aberta

bug Tech debt

AllenCell/cell-feature-explorer#281 · 1 responsável · Aberta em 10/4/2026
Show/animate multiple thumbnails for images Aberta

enhancement

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 30/100

AllenCell/cell-feature-explorer#277 · 1 comentário · Aberta em 2/4/2026
Open BFF selections in CFE Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

AllenCell/cell-feature-explorer#276 · Aberta em 2/4/2026
Annotation tools Aberta

enhancement question

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

AllenCell/cell-feature-explorer#275 · Aberta em 2/4/2026
Open selection as a multiscene file in Vol-E Aberta

enhancement

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 48/100

AllenCell/cell-feature-explorer#273 · Aberta em 2/4/2026
`(N/A)` label appears in the groupby list even when there are 0 N/A elements Aberta

bug

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#270 · Aberta em 2/4/2026
Handle/show warning when CSV data is missing File Path column Aberta

Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 65/100

AllenCell/cell-feature-explorer#268 · 1 reação · Aberta em 27/3/2026
update colorize mode Aberta

bug Tech Debt

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 45/100

AllenCell/vole-core#383 · 1 comentário · Aberta em 26/3/2026
Highlight region of interest Aberta

milestone candidate

Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 45/100

AllenCell/vole-core#381 · 3 comentários · 1 reação · Aberta em 24/3/2026
Size measurement Aberta

ux

Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

AllenCell/vole-core#380 · 1 comentário · Aberta em 17/3/2026
Error when calculating feature min/max Aberta

bug

AllenCell/tfe-data#108 · 1 comentário · 1 responsável · Aberta em 6/3/2026

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