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AllenCell

索引済みのリポジトリ 21 件 · GitHub で見る

vole-core
core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer

TypeScript · スター 106 個
agave
High quality visualization for volumetric image data

C++ · スター 63 個
aics-ml-segmentation

Python · スター 32 個
cyto-dl

Python · スター 32 個
aics-segmentation
Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow

Jupyter Notebook · スター 26 個
cvapipe_analysis
Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper

Jupyter Notebook · スター 24 個
aics-shparam

Python · スター 24 個
napari-allencell-segmenter
A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science

Python · スター 20 個
segmenter_model_zoo
scripts and API for running Deep Learning models from segmenter

Jupyter Notebook · スター 10 個
aics-cytoparam

Python · スター 7 個
benchmarking_representations
Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images

Python · スター 7 個
allencell-segmenter-ml
Napari plugin for ml segmentation

Python · スター 5 個
tfe-data
example scripts and utilities for preparing data for the time series colorizer app

Python · スター 4 個
endothelial-pipeline
Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states

Python · スター 2 個
cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer

TypeScript · スター 2 個
EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.

Python · スター 1 個
nuc-morph-analysis

Python · スター 0 個
camera-alignment-core
Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery

Python · スター 0 個
cellpack-client
Frontend interface for cellPACK

TypeScript · スター 0 個
cell-catalog
Cell catalog 2.0

TypeScript · スター 0 個
ほか 1 件のリポジトリは GitHub で見るにあります

初心者向けすべて

オープンすべて

use zenodo API オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/idea-board#141 · 2026年9月21日に作成
Move from Mailgun to Make オープン

AllenCell/idea-board#136 · 担当者 1 名 · 2026年9月16日に作成
EPIC: Contact オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

AllenCell/idea-board#135 · 2026年9月16日に作成
Decouple color and opacity オープン

bug enhancement milestone candidate

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

AllenCell/vole-core#476 · コメント 1 件 · 2026年9月15日に作成
Enable opacity for connecting lines オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 65/100

AllenCell/cell-feature-explorer#306 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年9月10日に作成
Document all EventDispatchers オープン

Tech Debt

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 72/100

AllenCell/vole-core#471 · 担当者 1 名 · 2026年9月9日に作成
Public API to add an idea via a backend service オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

AllenCell/idea-board#123 · 担当者 1 名 · 2026年9月2日に作成
Redesign to have "how to start working on this" オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

AllenCell/idea-board#122 · 担当者 1 名 · 2026年9月2日に作成
Add fields to idea data model オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/idea-board#121 · 担当者 1 名 · 2026年9月2日に作成
new resource types オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

AllenCell/idea-board#119 · 担当者 1 名 · 2026年9月1日に作成
`vole-core` v5 major release オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

AllenCell/vole-core#462 · 2026年9月1日に作成
Load files from parent folders in `tfe-open` オープン

internals new feature

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/tfe-data#110 · コメント 3 件 · 2026年9月1日に作成
test オープン

bug

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 10/100

AllenCell/idea-board#117 · 2026年8月27日に作成
Missing link to access Cookies Setting オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 72/100

AllenCell/cell-feature-explorer#304 · 2026年8月18日に作成
Expand/collapse the list of values in the group by and color by panels オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#299 · リアクション 1 件 · 2026年8月11日に作成
Refactor `plot_2d_latent_walk` オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

AllenCell/endothelial-pipeline#1827 · 2026年8月3日に作成
CMS publishes all PRs under Megan's name オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

AllenCell/idea-board#110 · コメント 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年7月22日に作成
Failing to build on osx. オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

AllenCell/agave#395 · コメント 8 件 · 2026年7月14日に作成
fully self contained python client オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/agave#394 · 2026年7月4日に作成
optimizations for websocket streaming オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

AllenCell/agave#393 · コメント 1 件 · 2026年7月2日に作成
Updates based on UX review of popup hint オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#289 · 担当者 1 名 · 2026年6月4日に作成
Feature request: expose mesh-based API (get_shcoeffs_from_mesh / get_shcoeffs_from_vertices_faces) オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/aics-shparam#23 · コメント 1 件 · 2026年6月2日に作成
Set of dependencies/files to keep/delete オープン

AllenCell/cyto-dl#507 · コメント 4 件 · 担当者 5 名 · 2026年6月1日に作成
Remove instances of dynamically generating manifest names in favor of constants オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/endothelial-pipeline#1645 · コメント 3 件 · 2026年5月23日に作成
Could consider gradient on color circles at the poles オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

AllenCell/agave#365 · 2026年5月21日に作成
Maybe add icons for sky light stuff (e.g. rotate) above viewer オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/agave#364 · 2026年5月21日に作成
Consider adding secondary Y axis value(s) オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

AllenCell/agave#361 · 2026年5月21日に作成
Bug: histogram not updating live (at first) オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

AllenCell/agave#360 · 2026年5月21日に作成
python client: use logging instead of print オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

AllenCell/agave#353 · 2026年5月19日に作成
allow non-ascii characters for commands that take string arguments オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

AllenCell/agave#352 · 2026年5月19日に作成
Single JSON collection for contact list オープン

AllenCell/idea-board#97 · 担当者 1 名 · 2026年5月12日に作成
Move the pick buffer out of `PickVolume` オープン

Tech Debt

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 55/100

AllenCell/vole-core#414 · 2026年5月8日に作成
Add a class to move responsibility for `IDrawableObjects` out of `VolumeDrawable` オープン

Tech Debt

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 42/100

AllenCell/vole-core#413 · コメント 1 件 · 2026年5月8日に作成
Make `VolumeRenderImpl` a subtype of `IDrawableObject` オープン

Tech Debt

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 52/100

AllenCell/vole-core#412 · 2026年5月8日に作成
Remove direct external access to `IDrawableObject`s オープン

Tech Debt

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/vole-core#411 · 2026年5月8日に作成
Update `ColorizeFeature` type to remove `three` types. オープン

Tech Debt

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

AllenCell/vole-core#410 · 2026年5月8日に作成
Remove all `three` types from `vole-core` API オープン

Tech Debt

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

AllenCell/vole-core#409 · 2026年5月8日に作成
Render to pick buffer in main mesh pass オープン

Tech Debt

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

AllenCell/vole-core#404 · コメント 1 件 · 2026年5月5日に作成
Switch to `WebGPURenderer` オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

AllenCell/vole-core#401 · 2026年4月28日に作成
Race condition in `promote.yml` causes deploys to be skipped オープン

bug Tech debt

AllenCell/cell-feature-explorer#281 · 担当者 1 名 · 2026年4月10日に作成
Show/animate multiple thumbnails for images オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 30/100

AllenCell/cell-feature-explorer#277 · コメント 1 件 · 2026年4月2日に作成
Open BFF selections in CFE オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

AllenCell/cell-feature-explorer#276 · 2026年4月2日に作成
Annotation tools オープン

enhancement question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

AllenCell/cell-feature-explorer#275 · 2026年4月2日に作成
Open selection as a multiscene file in Vol-E オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 48/100

AllenCell/cell-feature-explorer#273 · 2026年4月2日に作成
`(N/A)` label appears in the groupby list even when there are 0 N/A elements オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#270 · 2026年4月2日に作成
Handle/show warning when CSV data is missing File Path column オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 65/100

AllenCell/cell-feature-explorer#268 · リアクション 1 件 · 2026年3月27日に作成
update colorize mode オープン

bug Tech Debt

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

AllenCell/vole-core#383 · コメント 1 件 · 2026年3月26日に作成
Highlight region of interest オープン

milestone candidate

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 45/100

AllenCell/vole-core#381 · コメント 3 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月24日に作成
Size measurement オープン

ux

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

AllenCell/vole-core#380 · コメント 1 件 · 2026年3月17日に作成
Error when calculating feature min/max オープン

bug

AllenCell/tfe-data#108 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月6日に作成

AllenCell

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