Propriétaire
AllenCell
21 dépôts indexés · Voir sur GitHub
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vole-core
core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer
TypeScript · 106 étoiles
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agave
High quality visualization for volumetric image data
C++ · 63 étoiles
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Python · 32 étoiles
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Python · 32 étoiles
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aics-segmentation
Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow
Jupyter Notebook · 26 étoiles
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cvapipe_analysis
Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper
Jupyter Notebook · 24 étoiles
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Python · 24 étoiles
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napari-allencell-segmenter
A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science
Python · 20 étoiles
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segmenter_model_zoo
scripts and API for running Deep Learning models from segmenter
Jupyter Notebook · 10 étoiles
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Python · 7 étoiles
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benchmarking_representations
Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images
Python · 7 étoiles
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allencell-segmenter-ml
Napari plugin for ml segmentation
Python · 5 étoiles
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tfe-data
example scripts and utilities for preparing data for the time series colorizer app
Python · 4 étoiles
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endothelial-pipeline
Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states
Python · 2 étoiles
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cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer
TypeScript · 2 étoiles
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EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.
Python · 1 étoile
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Python · 0 étoiles
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camera-alignment-core
Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery
Python · 0 étoiles
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cellpack-client
Frontend interface for cellPACK
TypeScript · 0 étoiles
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cell-catalog
Cell catalog 2.0
TypeScript · 0 étoiles
- 1 autre dépôt se trouve sur Voir sur GitHub
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use zenodo API Ouverte
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100
AllenCell/idea-board#141 ·
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Move from Mailgun to Make Ouverte
AllenCell/idea-board#136 · 1 personne assignée ·
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EPIC: Contact Ouverte
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
AllenCell/idea-board#135 ·
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Decouple color and opacity Ouvertebug enhancement milestone candidate
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100
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Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 65/100
AllenCell/cell-feature-explorer#306 · 1 commentaire · 1 personne assignée ·
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Document all EventDispatchers OuverteTech Debt
Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 72/100
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Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100
AllenCell/idea-board#123 · 1 personne assignée ·
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Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100
AllenCell/idea-board#122 · 1 personne assignée ·
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Add fields to idea data model Ouverte
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100
AllenCell/idea-board#121 · 1 personne assignée ·
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new resource types Ouverte
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100
AllenCell/idea-board#119 · 1 personne assignée ·
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`vole-core` v5 major release Ouverteenhancement
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
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internals new feature
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100
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test Ouvertebug
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 10/100
AllenCell/idea-board#117 ·
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bug
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 72/100
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enhancement
Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100
AllenCell/cell-feature-explorer#299 · 1 réaction ·
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Refactor `plot_2d_latent_walk` Ouverte
Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100
AllenCell/endothelial-pipeline#1827 ·
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bug
Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100
AllenCell/idea-board#110 · 2 commentaires · 1 personne assignée ·
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Failing to build on osx. Ouvertebug
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100
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Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100
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Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100
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Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100
AllenCell/cell-feature-explorer#289 · 1 personne assignée ·
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Feature request: expose mesh-based API (get_shcoeffs_from_mesh / get_shcoeffs_from_vertices_faces) Ouverte
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100
AllenCell/aics-shparam#23 · 1 commentaire ·
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AllenCell/cyto-dl#507 · 4 commentaires · 5 personnes assignées ·
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Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100
AllenCell/endothelial-pipeline#1645 · 3 commentaires ·
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Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100
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Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100
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Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100
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bug
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 20/100
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Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100
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Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 42/100
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AllenCell/idea-board#97 · 1 personne assignée ·
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Tech Debt
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 55/100
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Tech Debt
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 42/100
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Tech Debt
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 52/100
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Tech Debt
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 35/100
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Tech Debt
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 68/100
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Tech Debt
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
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Tech Debt
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100
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Switch to `WebGPURenderer` Ouverte
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
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bug Tech debt
AllenCell/cell-feature-explorer#281 · 1 personne assignée ·
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enhancement
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 30/100
AllenCell/cell-feature-explorer#277 · 1 commentaire ·
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Open BFF selections in CFE Ouverteenhancement
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100
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Annotation tools Ouverteenhancement question
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
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enhancement
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 48/100
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bug
Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100
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Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 65/100
AllenCell/cell-feature-explorer#268 · 1 réaction ·
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update colorize mode Ouvertebug Tech Debt
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 45/100
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Highlight region of interest Ouvertemilestone candidate
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 45/100
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Size measurement Ouverteux
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100
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bug
AllenCell/tfe-data#108 · 1 commentaire · 1 personne assignée ·
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