Propietario

AllenCell

21 repositorios indexados · Ver en GitHub

vole-core
core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer

TypeScript · 106 estrellas
agave
High quality visualization for volumetric image data

C++ · 63 estrellas
aics-ml-segmentation

Python · 32 estrellas
cyto-dl

Python · 32 estrellas
aics-segmentation
Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow

Jupyter Notebook · 26 estrellas
cvapipe_analysis
Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper

Jupyter Notebook · 24 estrellas
aics-shparam

Python · 24 estrellas
napari-allencell-segmenter
A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science

Python · 20 estrellas
segmenter_model_zoo
scripts and API for running Deep Learning models from segmenter

Jupyter Notebook · 10 estrellas
aics-cytoparam

Python · 7 estrellas
benchmarking_representations
Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images

Python · 7 estrellas
allencell-segmenter-ml
Napari plugin for ml segmentation

Python · 5 estrellas
tfe-data
example scripts and utilities for preparing data for the time series colorizer app

Python · 4 estrellas
endothelial-pipeline
Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states

Python · 2 estrellas
cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer

TypeScript · 2 estrellas
EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.

Python · 1 estrella
nuc-morph-analysis

Python · 0 estrellas
camera-alignment-core
Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery

Python · 0 estrellas
cellpack-client
Frontend interface for cellPACK

TypeScript · 0 estrellas
cell-catalog
Cell catalog 2.0

TypeScript · 0 estrellas
1 repositorio más está en Ver en GitHub

Para principiantes Todo

Abierto Todos

use zenodo API Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/idea-board#141 · Abierto el 21/9/2026
Move from Mailgun to Make Abierto

AllenCell/idea-board#136 · 1 asignado · Abierto el 16/9/2026
EPIC: Contact Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

AllenCell/idea-board#135 · Abierto el 16/9/2026
Decouple color and opacity Abierto

bug enhancement milestone candidate

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

AllenCell/vole-core#476 · 1 comentario · Abierto el 15/9/2026
Enable opacity for connecting lines Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100

AllenCell/cell-feature-explorer#306 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 10/9/2026
Document all EventDispatchers Abierto

Tech Debt

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 72/100

AllenCell/vole-core#471 · 1 asignado · Abierto el 9/9/2026
Public API to add an idea via a backend service Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

AllenCell/idea-board#123 · 1 asignado · Abierto el 2/9/2026
Redesign to have "how to start working on this" Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

AllenCell/idea-board#122 · 1 asignado · Abierto el 2/9/2026
Add fields to idea data model Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/idea-board#121 · 1 asignado · Abierto el 2/9/2026
new resource types Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

AllenCell/idea-board#119 · 1 asignado · Abierto el 1/9/2026
`vole-core` v5 major release Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

AllenCell/vole-core#462 · Abierto el 1/9/2026
Load files from parent folders in `tfe-open` Abierto

internals new feature

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/tfe-data#110 · 3 comentarios · Abierto el 1/9/2026
test Abierto

bug

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 10/100

AllenCell/idea-board#117 · Abierto el 27/8/2026
Missing link to access Cookies Setting Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 72/100

AllenCell/cell-feature-explorer#304 · Abierto el 18/8/2026
Expand/collapse the list of values in the group by and color by panels Abierto

enhancement

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#299 · 1 reacción · Abierto el 11/8/2026
Refactor `plot_2d_latent_walk` Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

AllenCell/endothelial-pipeline#1827 · Abierto el 3/8/2026
CMS publishes all PRs under Megan's name Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

AllenCell/idea-board#110 · 2 comentarios · 1 asignado · Abierto el 22/7/2026
Failing to build on osx. Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

AllenCell/agave#395 · 8 comentarios · Abierto el 14/7/2026
fully self contained python client Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/agave#394 · Abierto el 4/7/2026
optimizations for websocket streaming Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

AllenCell/agave#393 · 1 comentario · Abierto el 2/7/2026
Updates based on UX review of popup hint Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#289 · 1 asignado · Abierto el 4/6/2026
Feature request: expose mesh-based API (get_shcoeffs_from_mesh / get_shcoeffs_from_vertices_faces) Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/aics-shparam#23 · 1 comentario · Abierto el 2/6/2026
Set of dependencies/files to keep/delete Abierto

AllenCell/cyto-dl#507 · 4 comentarios · 5 asignados · Abierto el 1/6/2026
Remove instances of dynamically generating manifest names in favor of constants Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/endothelial-pipeline#1645 · 3 comentarios · Abierto el 23/5/2026
Could consider gradient on color circles at the poles Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

AllenCell/agave#365 · Abierto el 21/5/2026
Maybe add icons for sky light stuff (e.g. rotate) above viewer Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/agave#364 · Abierto el 21/5/2026
Consider adding secondary Y axis value(s) Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

AllenCell/agave#361 · Abierto el 21/5/2026
Bug: histogram not updating live (at first) Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

AllenCell/agave#360 · Abierto el 21/5/2026
python client: use logging instead of print Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

AllenCell/agave#353 · Abierto el 19/5/2026
allow non-ascii characters for commands that take string arguments Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

AllenCell/agave#352 · Abierto el 19/5/2026
Single JSON collection for contact list Abierto

AllenCell/idea-board#97 · 1 asignado · Abierto el 12/5/2026
Move the pick buffer out of `PickVolume` Abierto

Tech Debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 55/100

AllenCell/vole-core#414 · Abierto el 8/5/2026
Add a class to move responsibility for `IDrawableObjects` out of `VolumeDrawable` Abierto

Tech Debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 42/100

AllenCell/vole-core#413 · 1 comentario · Abierto el 8/5/2026
Make `VolumeRenderImpl` a subtype of `IDrawableObject` Abierto

Tech Debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 52/100

AllenCell/vole-core#412 · Abierto el 8/5/2026
Remove direct external access to `IDrawableObject`s Abierto

Tech Debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/vole-core#411 · Abierto el 8/5/2026
Update `ColorizeFeature` type to remove `three` types. Abierto

Tech Debt

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 68/100

AllenCell/vole-core#410 · Abierto el 8/5/2026
Remove all `three` types from `vole-core` API Abierto

Tech Debt

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

AllenCell/vole-core#409 · Abierto el 8/5/2026
Render to pick buffer in main mesh pass Abierto

Tech Debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

AllenCell/vole-core#404 · 1 comentario · Abierto el 5/5/2026
Switch to `WebGPURenderer` Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

AllenCell/vole-core#401 · Abierto el 28/4/2026
Race condition in `promote.yml` causes deploys to be skipped Abierto

bug Tech debt

AllenCell/cell-feature-explorer#281 · 1 asignado · Abierto el 10/4/2026
Show/animate multiple thumbnails for images Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 30/100

AllenCell/cell-feature-explorer#277 · 1 comentario · Abierto el 2/4/2026
Open BFF selections in CFE Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

AllenCell/cell-feature-explorer#276 · Abierto el 2/4/2026
Annotation tools Abierto

enhancement question

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

AllenCell/cell-feature-explorer#275 · Abierto el 2/4/2026
Open selection as a multiscene file in Vol-E Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 48/100

AllenCell/cell-feature-explorer#273 · Abierto el 2/4/2026
`(N/A)` label appears in the groupby list even when there are 0 N/A elements Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 55/100

AllenCell/cell-feature-explorer#270 · Abierto el 2/4/2026
Handle/show warning when CSV data is missing File Path column Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 65/100

AllenCell/cell-feature-explorer#268 · 1 reacción · Abierto el 27/3/2026
update colorize mode Abierto

bug Tech Debt

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

AllenCell/vole-core#383 · 1 comentario · Abierto el 26/3/2026
Highlight region of interest Abierto

milestone candidate

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 45/100

AllenCell/vole-core#381 · 3 comentarios · 1 reacción · Abierto el 24/3/2026
Size measurement Abierto

ux

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

AllenCell/vole-core#380 · 1 comentario · Abierto el 17/3/2026
Error when calculating feature min/max Abierto

bug

AllenCell/tfe-data#108 · 1 comentario · 1 asignado · Abierto el 6/3/2026

Mostrando los 100 más recientes

Esta página solo lista lo indexado más recientemente. El filtro avanzado tiene el inventario completo, acotado por lenguaje, dificultad y duración.

Abrir el filtro avanzado

AllenCell

Mostrando los 100 más recientes

Recibe los nuevos issues en tu correo