vanvalenlab/cellSAM

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Codebase for "A Foundation Model for Cell Segmentation"

スター: 218
フォーク: 39
オープンの初心者向け issue: 1
索引済み issue: 43

主要言語: Python
ライセンス: Apache-2.0
最終 GitHub push: 2026年6月4日
最新の索引: 2026年9月21日
コントリビューションガイド: コントリビューションガイドがありません
行動規範: 行動規範がありません
初心者向けラベル: 初心者向けラベルは索引されていません
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

初心者向けすべて

オープンすべて

Unable ro login to deepcell login オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#135 · 2026年9月15日に作成
Unable to access CellSAM v1.2 weights due to DeepCell account registration/login issue オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#134 · コメント 1 件 · 2026年8月16日に作成
Unable to receive activation/password reset email from users.deepcell.org オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#133 · コメント 2 件 · 2026年7月22日に作成
Deepcell Registration Issue オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#132 · 2026年6月10日に作成
register via the DeepCell porta オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#127 · コメント 1 件 · 2026年5月5日に作成
Unable to access users.deepcell.org and online demo; request for official CellSAM model access for academic research オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#125 · コメント 1 件 · 2026年4月13日に作成
I can't log in to the website https://users.deepcell.org/login/ with my email, and I can't download the pretrained model オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#124 · 2026年4月12日に作成
I have completed the registration successfully, but I did not receive the verification email. オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#123 · 2026年3月26日に作成
Unable to receive verification email after successful registration with `.edu.cn` address, and login always says username/password do not match オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#122 · 2026年3月15日に作成
Registration request pending for 40+ days オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

vanvalenlab/cellSAM#121 · 2026年3月9日に作成
Expanded TissueNet is Undocumented オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#120 · 2026年3月7日に作成
Can't use cellSam because there's no way to get DEEPCELL_ACCESS_TOKEN オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#118 · コメント 8 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月4日に作成
Pre-trained model weights オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#116 · コメント 4 件 · 2026年1月24日に作成
Online CellSAM demo fails on official sample image オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

vanvalenlab/cellSAM#115 · コメント 3 件 · 2026年1月20日に作成
Stitching Causes Chopped Off Cells オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#113 · 2026年1月14日に作成
iou_threshold Not Documented Below Function Prototype オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#112 · 2026年1月14日に作成
Download Training Data Output Directory and Archive Size オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#111 · 2026年1月5日に作成
CellSAM Boundaries are Much Bigger than the Cells オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#104 · 2025年11月13日に作成
2D labels contain nested instances (cell fully inside another) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#103 · コメント 2 件 · 2025年10月16日に作成
Multi GPU support オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#102 · コメント 1 件 · 2025年10月15日に作成
Pre-trained model weights - official release, version 1.2 オープン

Models and Datasets

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#90 · コメント 28 件 · リアクション 2 件 · 2025年9月12日に作成
Deployment at cellsam.deepcell.org transition to new infrastructure オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#75 · コメント 1 件 · 2025年7月29日に作成
Is This Preprocessing Pipeline Suitable for H&E-Stained RGB Input? オープン

bug documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#74 · コメント 9 件 · 2025年7月21日に作成
Apply segmentation to H&E images オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#63 · コメント 1 件 · 2025年4月10日に作成
Exporting to ONNX possible? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#62 · 2025年4月2日に作成
Wholeslide segmentation performance issues オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#52 · 2025年3月17日に作成
Ensure output labels are sequential オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#42 · 2025年2月21日に作成
Single channel uint8 input fails with `low_contrast_enhancement=True` オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#33 · コメント 1 件 · 2025年2月13日に作成
`cellsam_pipeline` interface オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#31 · リアクション 1 件 · 2025年2月13日に作成
Numpy version issue オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#25 · コメント 1 件 · 2024年9月25日に作成
Model fine-tuning script オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#24 · リアクション 6 件 · 2024年9月18日に作成
CellFinder training オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

vanvalenlab/cellSAM#23 · リアクション 2 件 · 2024年9月11日に作成
Color flag in label layer creation in widget initiation for napari plugin is deprecated オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#22 · リアクション 2 件 · 2024年7月16日に作成
Error 'numpy.ndarray' object has no attribute 'unsqueeze' when passing bounding boxes into segment_cellular_image オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 55/100

vanvalenlab/cellSAM#21 · リアクション 1 件 · 2024年7月15日に作成
Bounding box prediction using other backbones オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#20 · コメント 1 件 · 2024年6月19日に作成
How to convert ground truth cell masks into bounding boxes オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#19 · コメント 1 件 · 2024年6月6日に作成
Model training script of CellSAM オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#18 · コメント 3 件 · 2024年4月13日に作成
Discussion: mask dtype オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#16 · 2024年4月9日に作成
`segment_cellular_images` should always return the same output type オープン

bug

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 62/100

vanvalenlab/cellSAM#13 · リアクション 1 件 · 2024年4月3日に作成
Package name オープン

Maintenance

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#10 · 2024年3月30日に作成
napari plugin? オープン

enhancement

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#5 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2024年3月29日に作成
Most pre-processing functions and process_and_segment_image expect 3 dimensions, but percentile_threshold seems to expect 4 オープン

bug

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#3 · リアクション 1 件 · 2024年3月25日に作成
Add option to pass bounding boxes to process_and_segment_image オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#2 · リアクション 1 件 · 2024年3月25日に作成

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