vanvalenlab/cellSAM

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Codebase for "A Foundation Model for Cell Segmentation"

Stelle: 218
Fork: 39
Issue aperte per principianti: 1
Issue indicizzate: 43

Lingua principale: Python
Licenza: Apache-2.0
Ultimo push su GitHub: 4/6/2026
Ultima indicizzazione: 21/9/2026
Guida per i contributori: Nessuna guida per i contributori
Codice di condotta: Nessun codice di condotta
Label per principianti: Nessuna label per principianti indicizzata
Metriche di merge delle PR: Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Unable ro login to deepcell login Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

vanvalenlab/cellSAM#135 · Aperta il 15/9/2026
Unable to access CellSAM v1.2 weights due to DeepCell account registration/login issue Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

vanvalenlab/cellSAM#134 · 1 commento · Aperta il 16/8/2026
Unable to receive activation/password reset email from users.deepcell.org Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#133 · 2 commenti · Aperta il 22/7/2026
Deepcell Registration Issue Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#132 · Aperta il 10/6/2026
register via the DeepCell porta Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#127 · 1 commento · Aperta il 5/5/2026
Unable to access users.deepcell.org and online demo; request for official CellSAM model access for academic research Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#125 · 1 commento · Aperta il 13/4/2026
I can't log in to the website https://users.deepcell.org/login/ with my email, and I can't download the pretrained model Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#124 · Aperta il 12/4/2026
I have completed the registration successfully, but I did not receive the verification email. Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

vanvalenlab/cellSAM#123 · Aperta il 26/3/2026
Unable to receive verification email after successful registration with `.edu.cn` address, and login always says username/password do not match Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#122 · Aperta il 15/3/2026
Registration request pending for 40+ days Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

vanvalenlab/cellSAM#121 · Aperta il 9/3/2026
Expanded TissueNet is Undocumented Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

vanvalenlab/cellSAM#120 · Aperta il 7/3/2026
Can't use cellSam because there's no way to get DEEPCELL_ACCESS_TOKEN Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#118 · 8 commenti · 1 reazione · Aperta il 4/3/2026
Pre-trained model weights Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#116 · 4 commenti · Aperta il 24/1/2026
Online CellSAM demo fails on official sample image Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 42/100

vanvalenlab/cellSAM#115 · 3 commenti · Aperta il 20/1/2026
Stitching Causes Chopped Off Cells Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#113 · Aperta il 14/1/2026
iou_threshold Not Documented Below Function Prototype Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

vanvalenlab/cellSAM#112 · Aperta il 14/1/2026
Download Training Data Output Directory and Archive Size Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

vanvalenlab/cellSAM#111 · Aperta il 5/1/2026
CellSAM Boundaries are Much Bigger than the Cells Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#104 · Aperta il 13/11/2025
2D labels contain nested instances (cell fully inside another) Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#103 · 2 commenti · Aperta il 16/10/2025
Multi GPU support Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#102 · 1 commento · Aperta il 15/10/2025
Pre-trained model weights - official release, version 1.2 Aperta

Models and Datasets

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#90 · 28 commenti · 2 reazioni · Aperta il 12/9/2025
Deployment at cellsam.deepcell.org transition to new infrastructure Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#75 · 1 commento · Aperta il 29/7/2025
Is This Preprocessing Pipeline Suitable for H&E-Stained RGB Input? Aperta

bug documentation

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#74 · 9 commenti · Aperta il 21/7/2025
Apply segmentation to H&E images Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#63 · 1 commento · Aperta il 10/4/2025
Exporting to ONNX possible? Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#62 · Aperta il 2/4/2025
Wholeslide segmentation performance issues Aperta

bug

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#52 · Aperta il 17/3/2025
Ensure output labels are sequential Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

vanvalenlab/cellSAM#42 · Aperta il 21/2/2025
Single channel uint8 input fails with `low_contrast_enhancement=True` Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#33 · 1 commento · Aperta il 13/2/2025
`cellsam_pipeline` interface Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#31 · 1 reazione · Aperta il 13/2/2025
Numpy version issue Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#25 · 1 commento · Aperta il 25/9/2024
Model fine-tuning script Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

vanvalenlab/cellSAM#24 · 6 reazioni · Aperta il 18/9/2024
CellFinder training Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

vanvalenlab/cellSAM#23 · 2 reazioni · Aperta il 11/9/2024
Color flag in label layer creation in widget initiation for napari plugin is deprecated Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

vanvalenlab/cellSAM#22 · 2 reazioni · Aperta il 16/7/2024
Error 'numpy.ndarray' object has no attribute 'unsqueeze' when passing bounding boxes into segment_cellular_image Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

vanvalenlab/cellSAM#21 · 1 reazione · Aperta il 15/7/2024
Bounding box prediction using other backbones Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

vanvalenlab/cellSAM#20 · 1 commento · Aperta il 19/6/2024
How to convert ground truth cell masks into bounding boxes Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#19 · 1 commento · Aperta il 6/6/2024
Model training script of CellSAM Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#18 · 3 commenti · Aperta il 13/4/2024
Discussion: mask dtype Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

vanvalenlab/cellSAM#16 · Aperta il 9/4/2024
`segment_cellular_images` should always return the same output type Aperta

bug

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 62/100

vanvalenlab/cellSAM#13 · 1 reazione · Aperta il 3/4/2024
Package name Aperta

Maintenance

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#10 · Aperta il 30/3/2024
napari plugin? Aperta

enhancement

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

vanvalenlab/cellSAM#5 · 2 commenti · 1 reazione · Aperta il 29/3/2024
Most pre-processing functions and process_and_segment_image expect 3 dimensions, but percentile_threshold seems to expect 4 Aperta

bug

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

vanvalenlab/cellSAM#3 · 1 reazione · Aperta il 25/3/2024
Add option to pass bounding boxes to process_and_segment_image Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

vanvalenlab/cellSAM#2 · 1 reazione · Aperta il 25/3/2024

vanvalenlab/cellSAM

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