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vanvalenlab

索引済みのリポジトリ 7 件 · GitHub で見る

deepcell-tf
Deep Learning Library for Single Cell Analysis

Python · スター 480 個
cellSAM
Codebase for "A Foundation Model for Cell Segmentation"

Python · スター 218 個
deepcell-label
Cloud-based data annotation tools for biological images

JavaScript · スター 85 個
deepcell-tracking
Track cells and build cell lineages

Python · スター 35 個
deepcell-spots
Deep Learning Library for Spot Detection

Python · スター 24 個
deepcell-types

Python · スター 10 個
torch-mesmer
pytorch implementation of mesmer

Python · スター 1 個

初心者向けすべて

オープンすべて

UX: Fix skimage min_size deprecation warnings オープン

chore

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 48/100

vanvalenlab/torch-mesmer#68 · 2026年9月17日に作成
Unable ro login to deepcell login オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#135 · 2026年9月15日に作成
https://users.deepcell.org/ returns 503 Service Temporarily Unavailable オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/deepcell-types#57 · コメント 4 件 · 2026年8月21日に作成
Unable to access CellSAM v1.2 weights due to DeepCell account registration/login issue オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#134 · コメント 1 件 · 2026年8月16日に作成
cannot log in the website to download the model オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#56 · コメント 2 件 · 2026年8月16日に作成
Unable to receive activation/password reset email from users.deepcell.org オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#133 · コメント 2 件 · 2026年7月22日に作成
Deepcell Registration Issue オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#132 · 2026年6月10日に作成
Registration unavailable: request for academic API token or offline model access オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-tf#749 · コメント 5 件 · リアクション 2 件 · 2026年5月14日に作成
Unclear Training Data Provenance オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 68/100

vanvalenlab/torch-mesmer#55 · 2026年5月7日に作成
register via the DeepCell porta オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#127 · コメント 1 件 · 2026年5月5日に作成
Inference performance degradation オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

vanvalenlab/torch-mesmer#52 · コメント 2 件 · 2026年5月1日に作成
Unable to access users.deepcell.org and online demo; request for official CellSAM model access for academic research オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#125 · コメント 1 件 · 2026年4月13日に作成
I can't log in to the website https://users.deepcell.org/login/ with my email, and I can't download the pretrained model オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#124 · 2026年4月12日に作成
I have completed the registration successfully, but I did not receive the verification email. オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

vanvalenlab/cellSAM#123 · 2026年3月26日に作成
Unable to receive verification email after successful registration with `.edu.cn` address, and login always says username/password do not match オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#122 · 2026年3月15日に作成
Registration request pending for 40+ days オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

vanvalenlab/cellSAM#121 · 2026年3月9日に作成
Expanded TissueNet is Undocumented オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#120 · 2026年3月7日に作成
Users Deepcell website is down オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-tf#748 · コメント 1 件 · 2026年3月5日に作成
Can't use cellSam because there's no way to get DEEPCELL_ACCESS_TOKEN オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#118 · コメント 8 件 · リアクション 1 件 · 2026年3月4日に作成
Support for python>3.10 オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 42/100

vanvalenlab/deepcell-tf#747 · コメント 2 件 · 2026年2月27日に作成
channel_mapping.yaml Has Duplicate Rows オープン

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 55/100

vanvalenlab/deepcell-types#38 · 2026年2月25日に作成
Masks Are Far Too Small オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

vanvalenlab/deepcell-tf#746 · 2026年2月18日に作成
Dynamic relevant point calculations for flow following オープン

fix

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/torch-mesmer#43 · 2026年2月10日に作成
Compare post-processing approaches オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/torch-mesmer#41 · 2026年2月10日に作成
Investigate 4-channel output オープン

question

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/torch-mesmer#40 · 2026年2月10日に作成
Conflicting Instructions Between Tutorial and Journal Article オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/deepcell-types#37 · 2026年2月6日に作成
BnT Cells Unsupported オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#36 · コメント 1 件 · 2026年2月5日に作成
Service Unavailable: DeepCell.org/predict inaccessible and API key registration broken オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-tf#745 · コメント 6 件 · 2026年1月29日に作成
Pre-trained model weights オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#116 · コメント 4 件 · 2026年1月24日に作成
Online CellSAM demo fails on official sample image オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 42/100

vanvalenlab/cellSAM#115 · コメント 3 件 · 2026年1月20日に作成
Stitching Causes Chopped Off Cells オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#113 · 2026年1月14日に作成
iou_threshold Not Documented Below Function Prototype オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#112 · 2026年1月14日に作成
Download Training Data Output Directory and Archive Size オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/cellSAM#111 · 2026年1月5日に作成
Clarification on preprocess_kwargs and postprocess_kwargs parameters in Mesmer オープン

enhancement

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 30/100

vanvalenlab/deepcell-tf#744 · 2025年12月19日に作成
CellSAM Boundaries are Much Bigger than the Cells オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#104 · 2025年11月13日に作成
2D labels contain nested instances (cell fully inside another) オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#103 · コメント 2 件 · 2025年10月16日に作成
Multi GPU support オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#102 · コメント 1 件 · 2025年10月15日に作成
SeNNet deepcell types integration Senoquant オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#34 · コメント 2 件 · リアクション 1 件 · 2025年10月8日に作成
SpotDetection's postprocessing function does not support batched prediction オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 55/100

vanvalenlab/deepcell-spots#97 · 2025年9月17日に作成
Pre-trained model weights - official release, version 1.2 オープン

Models and Datasets

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#90 · コメント 28 件 · リアクション 2 件 · 2025年9月12日に作成
Deployment at cellsam.deepcell.org transition to new infrastructure オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#75 · コメント 1 件 · 2025年7月29日に作成
Is This Preprocessing Pipeline Suitable for H&E-Stained RGB Input? オープン

bug documentation

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#74 · コメント 9 件 · 2025年7月21日に作成
problems in registering to Deepcell Users オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

vanvalenlab/deepcell-tf#741 · コメント 3 件 · リアクション 2 件 · 2025年7月5日に作成
Isotope Spillover オープン

question

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/deepcell-types#16 · コメント 4 件 · 2025年6月8日に作成
Data Download Hard-coded to Home Directory オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

vanvalenlab/deepcell-types#13 · リアクション 1 件 · 2025年5月24日に作成
Apply segmentation to H&E images オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#63 · コメント 1 件 · 2025年4月10日に作成
Exporting to ONNX possible? オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

vanvalenlab/cellSAM#62 · 2025年4月2日に作成
Wholeslide segmentation performance issues オープン

bug

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

vanvalenlab/cellSAM#52 · 2025年3月17日に作成
Can you release the code for constructing the consensus training dataset? オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

vanvalenlab/deepcell-spots#94 · コメント 1 件 · 2025年3月17日に作成
DeepCell NuclearSegmentation no longer allows model=None kwarg オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

vanvalenlab/deepcell-spots#93 · リアクション 1 件 · 2025年3月12日に作成

vanvalenlab

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