vanvalenlab/cellSAM

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Codebase for "A Foundation Model for Cell Segmentation"

Estrellas: 218
Forks: 39
Issues abiertos para principiantes: 1
Issues indexados: 43

Lenguaje dominante: Python
Licencia: Apache-2.0
Último push a GitHub: 4/6/2026
Última indexación: 21/9/2026
Guía de contribución: Sin guía de contribución
Código de conducta: Sin código de conducta
Etiquetas para principiantes: Sin etiquetas para principiantes indexadas
Métricas de merge de PR: Sin PR fusionados en 30 d

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Unable ro login to deepcell login Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

vanvalenlab/cellSAM#135 · Abierto el 15/9/2026
Unable to access CellSAM v1.2 weights due to DeepCell account registration/login issue Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

vanvalenlab/cellSAM#134 · 1 comentario · Abierto el 16/8/2026
Unable to receive activation/password reset email from users.deepcell.org Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#133 · 2 comentarios · Abierto el 22/7/2026
Deepcell Registration Issue Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#132 · Abierto el 10/6/2026
register via the DeepCell porta Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#127 · 1 comentario · Abierto el 5/5/2026
Unable to access users.deepcell.org and online demo; request for official CellSAM model access for academic research Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#125 · 1 comentario · Abierto el 13/4/2026
I can't log in to the website https://users.deepcell.org/login/ with my email, and I can't download the pretrained model Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#124 · Abierto el 12/4/2026
I have completed the registration successfully, but I did not receive the verification email. Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

vanvalenlab/cellSAM#123 · Abierto el 26/3/2026
Unable to receive verification email after successful registration with `.edu.cn` address, and login always says username/password do not match Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#122 · Abierto el 15/3/2026
Registration request pending for 40+ days Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

vanvalenlab/cellSAM#121 · Abierto el 9/3/2026
Expanded TissueNet is Undocumented Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

vanvalenlab/cellSAM#120 · Abierto el 7/3/2026
Can't use cellSam because there's no way to get DEEPCELL_ACCESS_TOKEN Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#118 · 8 comentarios · 1 reacción · Abierto el 4/3/2026
Pre-trained model weights Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#116 · 4 comentarios · Abierto el 24/1/2026
Online CellSAM demo fails on official sample image Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 42/100

vanvalenlab/cellSAM#115 · 3 comentarios · Abierto el 20/1/2026
Stitching Causes Chopped Off Cells Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#113 · Abierto el 14/1/2026
iou_threshold Not Documented Below Function Prototype Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

vanvalenlab/cellSAM#112 · Abierto el 14/1/2026
Download Training Data Output Directory and Archive Size Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

vanvalenlab/cellSAM#111 · Abierto el 5/1/2026
CellSAM Boundaries are Much Bigger than the Cells Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#104 · Abierto el 13/11/2025
2D labels contain nested instances (cell fully inside another) Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#103 · 2 comentarios · Abierto el 16/10/2025
Multi GPU support Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#102 · 1 comentario · Abierto el 15/10/2025
Pre-trained model weights - official release, version 1.2 Abierto

Models and Datasets

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#90 · 28 comentarios · 2 reacciones · Abierto el 12/9/2025
Deployment at cellsam.deepcell.org transition to new infrastructure Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#75 · 1 comentario · Abierto el 29/7/2025
Is This Preprocessing Pipeline Suitable for H&E-Stained RGB Input? Abierto

bug documentation

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#74 · 9 comentarios · Abierto el 21/7/2025
Apply segmentation to H&E images Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#63 · 1 comentario · Abierto el 10/4/2025
Exporting to ONNX possible? Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#62 · Abierto el 2/4/2025
Wholeslide segmentation performance issues Abierto

bug

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#52 · Abierto el 17/3/2025
Ensure output labels are sequential Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

vanvalenlab/cellSAM#42 · Abierto el 21/2/2025
Single channel uint8 input fails with `low_contrast_enhancement=True` Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#33 · 1 comentario · Abierto el 13/2/2025
`cellsam_pipeline` interface Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#31 · 1 reacción · Abierto el 13/2/2025
Numpy version issue Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#25 · 1 comentario · Abierto el 25/9/2024
Model fine-tuning script Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

vanvalenlab/cellSAM#24 · 6 reacciones · Abierto el 18/9/2024
CellFinder training Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

vanvalenlab/cellSAM#23 · 2 reacciones · Abierto el 11/9/2024
Color flag in label layer creation in widget initiation for napari plugin is deprecated Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

vanvalenlab/cellSAM#22 · 2 reacciones · Abierto el 16/7/2024
Error 'numpy.ndarray' object has no attribute 'unsqueeze' when passing bounding boxes into segment_cellular_image Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

vanvalenlab/cellSAM#21 · 1 reacción · Abierto el 15/7/2024
Bounding box prediction using other backbones Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

vanvalenlab/cellSAM#20 · 1 comentario · Abierto el 19/6/2024
How to convert ground truth cell masks into bounding boxes Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#19 · 1 comentario · Abierto el 6/6/2024
Model training script of CellSAM Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#18 · 3 comentarios · Abierto el 13/4/2024
Discussion: mask dtype Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

vanvalenlab/cellSAM#16 · Abierto el 9/4/2024
`segment_cellular_images` should always return the same output type Abierto

bug

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 62/100

vanvalenlab/cellSAM#13 · 1 reacción · Abierto el 3/4/2024
Package name Abierto

Maintenance

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#10 · Abierto el 30/3/2024
napari plugin? Abierto

enhancement

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

vanvalenlab/cellSAM#5 · 2 comentarios · 1 reacción · Abierto el 29/3/2024
Most pre-processing functions and process_and_segment_image expect 3 dimensions, but percentile_threshold seems to expect 4 Abierto

bug

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

vanvalenlab/cellSAM#3 · 1 reacción · Abierto el 25/3/2024
Add option to pass bounding boxes to process_and_segment_image Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

vanvalenlab/cellSAM#2 · 1 reacción · Abierto el 25/3/2024

vanvalenlab/cellSAM

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