Parallel inputs (`{C,V,,}BQ` or parallel readers for `fastq`)
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 45/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
調査の方向性
src/lib.rs の 889 行付近から開始し、並列アライメントの前にある現在の逐次バッチ入力ステップを追跡します。issue にリンクされている binseq と paraseq の候補アプローチを比較し、完了条件を、その入力段階に並列読み取りを統合しつつ、既存のバッチおよび出力フローを維持することとして定義します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
https://github.com/arcinstitute/binseq has multiple variants of sequence storage which would be suitable for input and support parallel reading
https://docs.rs/paraseq/latest/paraseq/ supports parallel fast_ reading as well it seems. Searching this repo returned no mention of binseq cc @rob-p
The current i/o pipeline with regards to inputs (i.e., https://github.com/scverse/rustar-aligner/blob/37423d10eedd70a9e661e14295071617ee6686a8/src/lib.rs#L889) seems to be
- sequential io of a "batch"
- align in parallel
- write out that batch
So we'd be targeting the first step but maybe we open a second issue for the third step
- 主要言語
- Rust
- スター
- 90
- フォーク
- 9
- 平均マージ
- 21時間 12分
- マージ済み PR（30日）
- 21
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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Consider hdf5-pure (pure-Rust HDF5) for optional .h5 output対応中かも このイシューにリンクされたプルリクエストがオープン中、またはマージ済みです。 オープンdependencies file-formats
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