Parallel inputs (`{C,V,,}BQ` or parallel readers for `fastq`)
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Ít trao đổi
- Công nghệ
- rust
- Lĩnh vực
- bioinformatics
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu tại src/lib.rs khoảng dòng 889 và theo dõi bước nhập theo lô tuần tự hiện tại trước khi căn chỉnh song song. So sánh các cách tiếp cận khả thi của binseq và paraseq được liên kết trong issue, sau đó xác định việc hoàn thành là tích hợp hoạt động đọc song song vào giai đoạn nhập đó trong khi vẫn giữ nguyên luồng lô và đầu ra hiện có.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
https://github.com/arcinstitute/binseq has multiple variants of sequence storage which would be suitable for input and support parallel reading
https://docs.rs/paraseq/latest/paraseq/ supports parallel fast_ reading as well it seems. Searching this repo returned no mention of binseq cc @rob-p
The current i/o pipeline with regards to inputs (i.e., https://github.com/scverse/rustar-aligner/blob/37423d10eedd70a9e661e14295071617ee6686a8/src/lib.rs#L889) seems to be
- sequential io of a "batch"
- align in parallel
- write out that batch
So we'd be targeting the first step but maybe we open a second issue for the third step
- Ngôn ngữ chính
- Rust
- Star
- 91
- Fork
- 9
- Merge trung bình
- 16 giờ 43 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 22
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của scverse/rustar-aligner
-
New dependency for 10x `.h5` output: `hdf5-pure` (pure Rust, no libhdf5)Có thể đã có người làm @Psy-Fer đã nhận 2 ngày trước. Đang mởdependencies
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
scverse/rustar-aligner#341 · 2 bình luận · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
-
CellRanger-compatible `outs/` output (`metrics_summary.csv`, `.h5` matrices, `web_summary.html`) — checking the development method before opening PRsCó thể đã có người làm @Psy-Fer đã nhận 1 ngày trước. Đang mởsensitive license
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100
scverse/rustar-aligner#340 · 1 bình luận · 1 reaction · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 1/100
scverse/rustar-aligner#324 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 8/100
scverse/rustar-aligner#299 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 5/100
scverse/rustar-aligner#298 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 4 ngày
Tất cả issue của scverse/rustar-aligner
Issue tương tự
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
memory_patch_page drops the `#` of headings like `## Notes on C#`Có thể đã có người làm @viniciusdsandrade đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
akitaonrails/ai-memory#1859 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
wealthfolio/wealthfolio#2376 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
kind/bug kind/security
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
spiceai/spiceai#15826 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
area:cli bug dotnet good first issue priority:medium
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
rtk-ai/rtk#4844 · 1 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày