Parallel inputs (`{C,V,,}BQ` or parallel readers for `fastq`)
I maintainer di solito rispondono entro 4 giorni
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 45/100
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics
Direzione di ricerca
Inizia da src/lib.rs intorno alla riga 889 e traccia l’attuale passaggio di input batch sequenziale prima dell’allineamento parallelo. Confronta i possibili approcci binseq e paraseq collegati nell’issue, quindi definisci il completamento come l’integrazione della lettura parallela in quella fase di input, preservando il flusso esistente di batch e output.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
https://github.com/arcinstitute/binseq has multiple variants of sequence storage which would be suitable for input and support parallel reading
https://docs.rs/paraseq/latest/paraseq/ supports parallel fast_ reading as well it seems. Searching this repo returned no mention of binseq cc @rob-p
The current i/o pipeline with regards to inputs (i.e., https://github.com/scverse/rustar-aligner/blob/37423d10eedd70a9e661e14295071617ee6686a8/src/lib.rs#L889) seems to be
- sequential io of a "batch"
- align in parallel
- write out that batch
So we'd be targeting the first step but maybe we open a second issue for the third step
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 90
- Fork
- 9
- Merge medio
- 21h 12m
- PR unite (30g)
- 21
Preparare l'ambiente
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Nessun modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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