Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

nf-core/fetchngs

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Pipeline to fetch metadata and raw FastQ files from public databases

nf-core/fetchngs は初心者に優しい？

nf-core/fetchngs への外部コントリビューターの PR が最近は少なく、どのくらいマージされるかはまだ言えません。 初心者向けの issue が現在 1 件オープンです。

スター
201
フォーク
94
オープンの初心者向け issue
1
索引済み issue
40
平均マージ
6時間 36分
マージ済み PR（30日）
4
主要言語
Nextflow
ライセンス
MIT
最終 GitHub push
2026年10月8日
最新の索引
2026年9月19日
コントリビューションガイド
行動規範
初心者向けラベル
初心者向けラベルは索引されていません

nf-core/fetchngs にコントリビュートするには

  1. まずコントリビューションガイドを読みましょう。変更の提案、テスト、レビューの進め方が書かれています。
  2. このプロジェクトには dev container があります。Codespaces で開くと、ブラウザですぐに開発環境が手に入ります。
  3. 行動規範も読んでおきましょう。チャットだけでなく issue や PR にも適用されます。
  4. 下にある初心者向けのオープンな issue を選び、作業を始める前に取り組みたいとコメントしましょう。
初心者向け すべて
オープン すべて

誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示

  • 1.13.0: `--nf_core_pipeline mag` emits a samplesheet mag rejects (empty `group`, `fastq_1/2` instead of `short_reads_1/2`)
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 74/100

    nf-core/fetchngs#401 · リアクション 1 件 ·

  • Replace deprecated cgi module in sra_ids_to_runinfo
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 74/100

    nf-core/fetchngs#390 ·

  • restore mkfg file from CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS / FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#377 ·

  • fetchngs 1.12 produces empty runinfo.tsv because ENA no longer accepts parent_study
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 75/100

    nf-core/fetchngs#372 · コメント 1 件 ·

  • SRA tools fetching fails on AWS, fixable by updating sra-toolkit version
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

    nf-core/fetchngs#364 ·

  • Fetching from the European Genome-Phenome Archive
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#360 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS:CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS (ncbi-settings)'
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

    nf-core/fetchngs#351 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_RUNINFO_TO_FTP (1)'
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 28/100

    nf-core/fetchngs#346 · コメント 1 件 ·

  • Add support for cloud platform
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#345 · コメント 1 件 ·

  • Add xsra support
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

    nf-core/fetchngs#344 ·

  • Partition error on SLURM only with fetchngs -
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#343 ·

  • Fetchngs fails with error: terminated with an error exit status (1) -- Execution is retried (1)
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#342 · コメント 1 件 ·

  • fetchngs test fails
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 20/100

    nf-core/fetchngs#336 · リアクション 2 件 ·

  • fasterq-dump => disk: local-ssd
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#332 · コメント 3 件 ·

  • Incorrect MD5 checksums being used for some files
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100

    nf-core/fetchngs#331 ·

  • 1.11.0 works while 1.12.0 fails for apptainer+wget ( wget: unable to resolve host address 'ftp.sra.ebi.ac.uk' )
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#328 · コメント 3 件 ·

  • Incorrect fastq paths in scRNA-seq sample sheet
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 32/100

    nf-core/fetchngs#326 · リアクション 1 件 ·

  • Update some modeles for TES compliance
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    nf-core/fetchngs#318 · 担当者 1 名 ·

  • SRATOOLS_FASTERQDUMP failing due to missing fastq file
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#317 · コメント 11 件 ·

  • Support for CNBG
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#315 ·

  • DDBJ study ids (DRP123456) do not map correctly
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/fetchngs#314 ·

  • Support for GSA accessions
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#313 · リアクション 2 件 ·

  • SRA file links deprecated
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#301 · コメント 3 件 ·

  • wget host address error
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/fetchngs#291 · コメント 13 件 · リアクション 2 件 ·

  • Merge technical replicates (SRR1 + SRR2 -> SRX)
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

    nf-core/fetchngs#270 ·

  • Add ability to download more than 2 FastQ files via FTP and Aspera
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#260 · コメント 3 件 ·

  • check out extensions for input files
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#256 · コメント 3 件 ·

  • Use nf-test for input validation
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#254 ·

  • FEAT: Pass scientific name as input to download the data
    オープン
    • 何か問題がありますか？

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#235 ·

  • Add compatibility with sarek samplesheet
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

    nf-core/fetchngs#196 ·

  • Deal with accessions with non-existing files
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nf-core/fetchngs#139 · コメント 7 件 · 担当者 1 名 ·

  • eutils rate limits exceeded (with relatively small input set of accessions)
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

    nf-core/fetchngs#117 · コメント 4 件 · リアクション 1 件 ·

  • Use ffq to fetch id metadata
    再び着手できるかも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    nf-core/fetchngs#110 · 担当者 1 名 ·

  • Can SRA responses be trapped and reported in a user-friendly manner?
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#108 · コメント 1 件 ·

  • add --save_merged_fastq for merging technical repeats to fetchngs
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#95 · コメント 5 件 · リアクション 1 件 ·

  • Allow a prepared ENA metadata samplesheet as input
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

    nf-core/fetchngs#77 · コメント 1 件 ·

  • Check if running offline
    オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 32/100

    nf-core/fetchngs#18 · コメント 1 件 ·

  • SRA_FASTQ_FTP requests 12 GB / 2 CPUs (up to 36 GB / 6 CPUs on retry) for a download that uses ~15 MB
    対応中かも オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100

    nf-core/fetchngs#407 ·

  • Add direct AWS download method
    対応中かも オープン
    • 何か問題がありますか？
    enhancement

    難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100

    nf-core/fetchngs#354 ·

  • SRAtools download seems to insert paired-end suffix into workdir path
    対応中かも オープン
    • 何か問題がありますか？
    bug

    難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

    nf-core/fetchngs#221 · コメント 7 件 ·

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