nf-core/fetchngs

Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data

• 1.13.0: `--nf_core_pipeline mag` emits a samplesheet mag rejects (empty `group`, `fastq_1/2` instead of `short_reads_1/2`)

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 74/100

  nf-core/fetchngs#401 · 1 reazione · Aperta il 15/9/2026

• Replace deprecated cgi module in sra_ids_to_runinfo

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 74/100

  nf-core/fetchngs#390 · Aperta il 10/9/2026

• restore mkfg file from CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS / FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#377 · Aperta il 10/8/2026

• fetchngs 1.12 produces empty runinfo.tsv because ENA no longer accepts parent_study

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 75/100

  nf-core/fetchngs#372 · 1 commento · Aperta il 7/8/2026

• SRA tools fetching fails on AWS, fixable by updating sra-toolkit version

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100

  nf-core/fetchngs#364 · Aperta il 20/3/2026

• Fetching from the European Genome-Phenome Archive

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#360 · Aperta il 23/10/2025

• ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS:CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS (ncbi-settings)'

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

  nf-core/fetchngs#351 · Aperta il 24/7/2025

• ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_RUNINFO_TO_FTP (1)'

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 28/100

  nf-core/fetchngs#346 · 1 commento · Aperta il 12/5/2025

• Add support for cloud platform

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#345 · 1 commento · Aperta il 8/5/2025

• Add xsra support

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

  nf-core/fetchngs#344 · Aperta il 1/5/2025

• Partition error on SLURM only with fetchngs -

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#343 · Aperta il 9/4/2025

• Fetchngs fails with error: terminated with an error exit status (1) -- Execution is retried (1)

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#342 · 1 commento · Aperta il 26/3/2025

• fetchngs test fails

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 20/100

  nf-core/fetchngs#336 · 2 reazioni · Aperta il 6/2/2025

• fasterq-dump => disk: local-ssd

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#332 · 3 commenti · Aperta il 11/1/2025

• Incorrect MD5 checksums being used for some files

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 38/100

  nf-core/fetchngs#331 · Aperta il 9/1/2025

• 1.11.0 works while 1.12.0 fails for apptainer+wget ( wget: unable to resolve host address 'ftp.sra.ebi.ac.uk' )

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#328 · 3 commenti · Aperta il 9/12/2024

• Incorrect fastq paths in scRNA-seq sample sheet

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 32/100

  nf-core/fetchngs#326 · 1 reazione · Aperta il 29/11/2024

• Update some modeles for TES compliance

  Forse di nuovo libera @vsmalladi l’ha presa 772 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  nf-core/fetchngs#318 · 1 assegnatario · Aperta il 13/9/2024

• SRATOOLS_FASTERQDUMP failing due to missing fastq file

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#317 · 11 commenti · Aperta il 24/7/2024

• Support for CNBG

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#315 · Aperta il 1/7/2024

• DDBJ study ids (DRP123456) do not map correctly

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100

  nf-core/fetchngs#314 · Aperta il 1/7/2024

• Support for GSA accessions

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#313 · 2 reazioni · Aperta il 30/5/2024

• SRA file links deprecated

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#301 · 3 commenti · Aperta il 7/3/2024

• wget host address error

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

  nf-core/fetchngs#291 · 13 commenti · 2 reazioni · Aperta il 23/2/2024

• Merge technical replicates (SRR1 + SRR2 -> SRX)

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100

  nf-core/fetchngs#270 · Aperta il 6/2/2024

• Add ability to download more than 2 FastQ files via FTP and Aspera

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#260 · 3 commenti · Aperta il 30/1/2024

• check out extensions for input files

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#256 · 3 commenti · Aperta il 25/1/2024

• Use nf-test for input validation

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#254 · Aperta il 18/1/2024

• FEAT: Pass scientific name as input to download the data

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#235 · Aperta il 2/11/2023

• Add compatibility with sarek samplesheet

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

  nf-core/fetchngs#196 · Aperta il 21/9/2023

• Deal with accessions with non-existing files

  Forse di nuovo libera @drpatelh l’ha presa 1270 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  nf-core/fetchngs#139 · 7 commenti · 1 assegnatario · Aperta il 24/3/2023

• eutils rate limits exceeded (with relatively small input set of accessions)

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

  nf-core/fetchngs#117 · 4 commenti · 1 reazione · Aperta il 13/10/2022

• Use ffq to fetch id metadata

  Forse di nuovo libera @robsyme l’ha presa 1106 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  nf-core/fetchngs#110 · 1 assegnatario · Aperta il 21/7/2022

• Can SRA responses be trapped and reported in a user-friendly manner?

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#108 · 1 commento · Aperta il 14/7/2022

• add --save_merged_fastq for merging technical repeats to fetchngs

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#95 · 5 commenti · 1 reazione · Aperta il 7/6/2022

• Allow a prepared ENA metadata samplesheet as input

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

  nf-core/fetchngs#77 · 1 commento · Aperta il 7/3/2022

• Check if running offline

  Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 32/100

  nf-core/fetchngs#18 · 1 commento · Aperta il 29/6/2021

• SRA_FASTQ_FTP requests 12 GB / 2 CPUs (up to 36 GB / 6 CPUs on retry) for a download that uses ~15 MB

  Forse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100

  nf-core/fetchngs#407 · Aperta il 20/10/2026

• Add direct AWS download method

  Forse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  enhancement

  Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100

  nf-core/fetchngs#354 · Aperta il 14/8/2025

• SRAtools download seems to insert paired-end suffix into workdir path

  Forse già presa @edmundmiller l’ha presa 992 giorni fa. Aperta

  ⋯Segnala un problema con questa issue

  • Qualcosa non va?

  • Già presa in carico
  • Non adatta ai principianti
  • Obsoleta o non valida
  • Altro…
  • Invia Annulla
  bug

  Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

  nf-core/fetchngs#221 · 7 commenti · Aperta il 16/10/2023