Hacktoberfest 2026: los issues que los mantenedores marcaron para octubre, abiertos y aptos para principiantes. Explorar issues de Hacktoberfest

nf-core/fetchngs

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Pipeline to fetch metadata and raw FastQ files from public databases

¿Es nf-core/fetchngs apto para principiantes?

Hemos visto muy pocos pull requests recientes de colaboradores externos en nf-core/fetchngs para saber con qué frecuencia se fusionan. Ahora mismo hay 1 issue apto para principiantes abierto.

Estrellas
201
Forks
94
Issues abiertos para principiantes
1
Issues indexados
40
Merge medio
4 d 5 h
PR fusionados (30 d)
3
Lenguaje dominante
Nextflow
Licencia
MIT
Último push a GitHub
8/10/2026
Última indexación
19/9/2026
Guía de contribución
Código de conducta
Etiquetas para principiantes
Sin etiquetas para principiantes indexadas

Cómo contribuir a nf-core/fetchngs

  1. Lee primero la guía de contribución: explica cómo quieren los mantenedores que se propongan, prueben y revisen los cambios.
  2. El proyecto incluye un dev container: ábrelo en Codespaces para tener un entorno que funciona en tu navegador.
  3. Lee su código de conducta: se aplica a los issues y pull requests igual que al chat.
  4. Elige el issue abierto apto para principiantes de abajo y comenta que quieres trabajar en él antes de empezar.
Para principiantes Todo
Abierto Todos

Las issues en las que quizá ya trabaja alguien aparecen al final. Ordenar todo por fecha

  • 1.13.0: `--nf_core_pipeline mag` emits a samplesheet mag rejects (empty `group`, `fastq_1/2` instead of `short_reads_1/2`)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

    nf-core/fetchngs#401 · 1 reacción ·

  • Replace deprecated cgi module in sra_ids_to_runinfo
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 74/100

    nf-core/fetchngs#390 ·

  • restore mkfg file from CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS / FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#377 ·

  • fetchngs 1.12 produces empty runinfo.tsv because ENA no longer accepts parent_study
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 75/100

    nf-core/fetchngs#372 · 1 comentario ·

  • SRA tools fetching fails on AWS, fixable by updating sra-toolkit version
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 42/100

    nf-core/fetchngs#364 ·

  • Fetching from the European Genome-Phenome Archive
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#360 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS:CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS (ncbi-settings)'
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

    nf-core/fetchngs#351 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_RUNINFO_TO_FTP (1)'
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 28/100

    nf-core/fetchngs#346 · 1 comentario ·

  • Add support for cloud platform
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#345 · 1 comentario ·

  • Add xsra support
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

    nf-core/fetchngs#344 ·

  • Partition error on SLURM only with fetchngs -
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#343 ·

  • Fetchngs fails with error: terminated with an error exit status (1) -- Execution is retried (1)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#342 · 1 comentario ·

  • fetchngs test fails
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 20/100

    nf-core/fetchngs#336 · 2 reacciones ·

  • fasterq-dump => disk: local-ssd
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#332 · 3 comentarios ·

  • Incorrect MD5 checksums being used for some files
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 38/100

    nf-core/fetchngs#331 ·

  • 1.11.0 works while 1.12.0 fails for apptainer+wget ( wget: unable to resolve host address 'ftp.sra.ebi.ac.uk' )
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#328 · 3 comentarios ·

  • Incorrect fastq paths in scRNA-seq sample sheet
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 32/100

    nf-core/fetchngs#326 · 1 reacción ·

  • Update some modeles for TES compliance
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    nf-core/fetchngs#318 · 1 asignado ·

  • SRATOOLS_FASTERQDUMP failing due to missing fastq file
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#317 · 11 comentarios ·

  • Support for CNBG
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#315 ·

  • DDBJ study ids (DRP123456) do not map correctly
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/fetchngs#314 ·

  • Support for GSA accessions
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#313 · 2 reacciones ·

  • SRA file links deprecated
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#301 · 3 comentarios ·

  • wget host address error
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/fetchngs#291 · 13 comentarios · 2 reacciones ·

  • Merge technical replicates (SRR1 + SRR2 -> SRX)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 45/100

    nf-core/fetchngs#270 ·

  • Add ability to download more than 2 FastQ files via FTP and Aspera
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#260 · 3 comentarios ·

  • check out extensions for input files
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#256 · 3 comentarios ·

  • Use nf-test for input validation
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#254 ·

  • FEAT: Pass scientific name as input to download the data
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#235 ·

  • Add compatibility with sarek samplesheet
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

    nf-core/fetchngs#196 ·

  • Deal with accessions with non-existing files
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    nf-core/fetchngs#139 · 7 comentarios · 1 asignado ·

  • eutils rate limits exceeded (with relatively small input set of accessions)
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

    nf-core/fetchngs#117 · 4 comentarios · 1 reacción ·

  • Use ffq to fetch id metadata
    Quizá libre de nuevo Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    nf-core/fetchngs#110 · 1 asignado ·

  • Can SRA responses be trapped and reported in a user-friendly manner?
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#108 · 1 comentario ·

  • add --save_merged_fastq for merging technical repeats to fetchngs
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#95 · 5 comentarios · 1 reacción ·

  • Allow a prepared ENA metadata samplesheet as input
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

    nf-core/fetchngs#77 · 1 comentario ·

  • Check if running offline
    Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 32/100

    nf-core/fetchngs#18 · 1 comentario ·

  • SRA_FASTQ_FTP requests 12 GB / 2 CPUs (up to 36 GB / 6 CPUs on retry) for a download that uses ~15 MB
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 78/100

    nf-core/fetchngs#407 ·

  • Add direct AWS download method
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    enhancement

    Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 48/100

    nf-core/fetchngs#354 ·

  • SRAtools download seems to insert paired-end suffix into workdir path
    Posiblemente ocupada Abierto
    • ¿Algo no está bien?
    bug

    Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

    nf-core/fetchngs#221 · 7 comentarios ·

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