Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

nf-core/fetchngs

Đăng nhập để theo dõi Xem trên GitHub

Pipeline to fetch metadata and raw FastQ files from public databases

nf-core/fetchngs có thân thiện với người mới không?

Gần đây có quá ít pull request của người đóng góp bên ngoài gửi tới nf-core/fetchngs để nói chúng được merge thường xuyên đến đâu. Hiện có 1 issue phù hợp với người mới đang mở.

Star
201
Fork
94
Issue cho người mới đang mở
1
Issue đã lập chỉ mục
40
Merge trung bình
6 giờ 36 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
4
Ngôn ngữ chính
Nextflow
Giấy phép
MIT
Lần push lên GitHub gần nhất
8/10/2026
Lập chỉ mục gần nhất
19/9/2026
Hướng dẫn đóng góp
Quy tắc ứng xử
Label cho người mới
Chưa lập chỉ mục label nào cho người mới

Cách đóng góp cho nf-core/fetchngs

  1. Hãy đọc hướng dẫn đóng góp trước: nó cho biết maintainer muốn thay đổi được đề xuất, kiểm thử và review ra sao.
  2. Dự án có sẵn dev container: mở trong Codespaces để có ngay môi trường chạy được trong trình duyệt.
  3. Hãy đọc quy tắc ứng xử: nó áp dụng cho issue và pull request cũng như trò chuyện.
  4. Chọn issue phù hợp với người mới đang mở bên dưới và bình luận rằng bạn muốn làm nó trước khi bắt đầu.
Phù hợp cho người mới Tất cả
Đang mở Tất cả

Các issue có thể đã có người làm được xếp cuối danh sách. Sắp xếp tất cả theo ngày

  • 1.13.0: `--nf_core_pipeline mag` emits a samplesheet mag rejects (empty `group`, `fastq_1/2` instead of `short_reads_1/2`)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 74/100

    nf-core/fetchngs#401 · 1 reaction ·

  • Replace deprecated cgi module in sra_ids_to_runinfo
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 74/100

    nf-core/fetchngs#390 ·

  • restore mkfg file from CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS / FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#377 ·

  • fetchngs 1.12 produces empty runinfo.tsv because ENA no longer accepts parent_study
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 75/100

    nf-core/fetchngs#372 · 1 bình luận ·

  • SRA tools fetching fails on AWS, fixable by updating sra-toolkit version
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 42/100

    nf-core/fetchngs#364 ·

  • Fetching from the European Genome-Phenome Archive
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#360 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:FASTQ_DOWNLOAD_PREFETCH_FASTERQDUMP_SRATOOLS:CUSTOM_SRATOOLSNCBISETTINGS (ncbi-settings)'
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/fetchngs#351 ·

  • ERROR ~ Error executing process > 'NFCORE_FETCHNGS:SRA:SRA_RUNINFO_TO_FTP (1)'
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 28/100

    nf-core/fetchngs#346 · 1 bình luận ·

  • Add support for cloud platform
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#345 · 1 bình luận ·

  • Add xsra support
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/fetchngs#344 ·

  • Partition error on SLURM only with fetchngs -
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#343 ·

  • Fetchngs fails with error: terminated with an error exit status (1) -- Execution is retried (1)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#342 · 1 bình luận ·

  • fetchngs test fails
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 20/100

    nf-core/fetchngs#336 · 2 reaction ·

  • fasterq-dump => disk: local-ssd
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#332 · 3 bình luận ·

  • Incorrect MD5 checksums being used for some files
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100

    nf-core/fetchngs#331 ·

  • 1.11.0 works while 1.12.0 fails for apptainer+wget ( wget: unable to resolve host address 'ftp.sra.ebi.ac.uk' )
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#328 · 3 bình luận ·

  • Incorrect fastq paths in scRNA-seq sample sheet
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 32/100

    nf-core/fetchngs#326 · 1 reaction ·

  • Update some modeles for TES compliance
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    nf-core/fetchngs#318 · 1 người được giao ·

  • SRATOOLS_FASTERQDUMP failing due to missing fastq file
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#317 · 11 bình luận ·

  • Support for CNBG
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#315 ·

  • DDBJ study ids (DRP123456) do not map correctly
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/fetchngs#314 ·

  • Support for GSA accessions
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#313 · 2 reaction ·

  • SRA file links deprecated
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#301 · 3 bình luận ·

  • wget host address error
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/fetchngs#291 · 13 bình luận · 2 reaction ·

  • Merge technical replicates (SRR1 + SRR2 -> SRX)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100

    nf-core/fetchngs#270 ·

  • Add ability to download more than 2 FastQ files via FTP and Aspera
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#260 · 3 bình luận ·

  • check out extensions for input files
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#256 · 3 bình luận ·

  • Use nf-test for input validation
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#254 ·

  • FEAT: Pass scientific name as input to download the data
    Đang mở
    • Có gì không ổn?

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#235 ·

  • Add compatibility with sarek samplesheet
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100

    nf-core/fetchngs#196 ·

  • Deal with accessions with non-existing files
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/fetchngs#139 · 7 bình luận · 1 người được giao ·

  • eutils rate limits exceeded (with relatively small input set of accessions)
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/fetchngs#117 · 4 bình luận · 1 reaction ·

  • Use ffq to fetch id metadata
    Có thể làm lại được Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    nf-core/fetchngs#110 · 1 người được giao ·

  • Can SRA responses be trapped and reported in a user-friendly manner?
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#108 · 1 bình luận ·

  • add --save_merged_fastq for merging technical repeats to fetchngs
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#95 · 5 bình luận · 1 reaction ·

  • Allow a prepared ENA metadata samplesheet as input
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100

    nf-core/fetchngs#77 · 1 bình luận ·

  • Check if running offline
    Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 32/100

    nf-core/fetchngs#18 · 1 bình luận ·

  • SRA_FASTQ_FTP requests 12 GB / 2 CPUs (up to 36 GB / 6 CPUs on retry) for a download that uses ~15 MB
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100

    nf-core/fetchngs#407 ·

  • Add direct AWS download method
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    enhancement

    Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100

    nf-core/fetchngs#354 ·

  • SRAtools download seems to insert paired-end suffix into workdir path
    Có thể đã có người làm Đang mở
    • Có gì không ổn?
    bug

    Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 30/100

    nf-core/fetchngs#221 · 7 bình luận ·

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.