Add minimum_alignment_q_score parameter for MAPQ filtering (similar to nf-core/cutandrun)
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 42/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
まず、nf-core/cutandrun の minimum_alignment_q_score 実装を nf-core/chipseq ワークフローおよびそのパラメータ処理と比較します。低品質のアラインメントがどのようにフィルタリングされるかを確認し、パラメータをデフォルト値 20 で公開して ChIP-seq パイプラインの MAPQ フィルタリングに適用することを完了条件とします。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Description of feature
In the nf-core/cutandrun pipeline, the minimum_alignment_q_score parameter (default: 20) allows explicit filtering of low-quality alignments based on MAPQ scores. However, this option is not implemented in nf-core/chipseq, despite being a common QC step for ChIP-seq data.
This was discussed in the nf-core Slack, and the team suggested opening an issue for tracking. @JoseEspinosa
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 245
- フォーク
- 185
- 平均マージ
- 6分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
nf-core/chipseq のほかの issue
-
MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed, even when single end data is used as inputオープンbug
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100
-
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100
-
enhancement
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100
-
bug
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100
-
enhancement improve-behaviour
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100
nf-core/chipseq の issue をすべて見る
似ている issue
-
bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 85/100
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
enhancement
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 70/100
nf-core/variantbenchmarking#359 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 85/100
openforcefield/openff-interchange#1555 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
documentation
難易度 1/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 83/100
nf-core/pairgenomealign#167 ·
-
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 67/100
nf-core/taxmarker#80 · コメント 2 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信