MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed, even when single end data is used as input
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 48/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 静か
調査の方向性
提供された nf-core/chipseq コマンドと single-end サンプルを使って報告を再現し、その後、MACS3 ステップで paired-end 入力と single-end 入力がどのように処理されるかを確認します。single-end の実行で paired-end リードが必要だと報告されなくなり、MACS3 ステップが正常に進行すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Description of the bug
I have some low quality data where the second paired read had very low quality. As such, I tried to run chipseq version 2.1.0 with single-ended data as input.
This results in an error with the MACS3 step. MACS3 is reporting that 100 paired reads are needed:
WARNING @ 09 Jul 2026 02:09:00: [86 MB] #2 MACS3 needs at least 100 paired peaks at + and - strand to build the model, but can only find 0! Please make your MFOLD range broader and try again. If MACS3 still can't build the model, we suggest to use --nomodel and --extsize 147 or other fixed number instead.
Command used and terminal output
nextflow run nf-core/chipseq --input samplesheet.csv --read_length 150 --outdir mouse_output_single_end2 --genome GRCm38 -profile singularity -r 2.1.0
Relevant files
No response
System information
No response
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 245
- フォーク
- 185
- 平均マージ
- 6分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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