Example for optional input in tuple?
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評価
- 難易度
- 3/5
- 見積もり時間
- 1〜2日
- 初心者へのやさしさ
- 30/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
Start with the tuple input declaration and the map expression in main.nf; the example reports Not a valid path value: NO_FILE when the optional reverse-read path is represented by that string. Check how this repository’s patterns handle optional tuple paths and compare with the Nextflow input documentation. Done means the example runs with and without an R2 file and publishes the expected BAM outputs.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I am trying to run a configuration where the input is a tuple of paths, some of which are optional. The pattern in this repository works for separate path inputs (or, so says the author), but extending it to my use case results in the error Not a valid path value: NO_FILE.
In this simple example demonstrating the issue, the input is a CSV file defining RNA-seq sample names, forward and reverse read fastqs, and a STAR genome index to align them to. The reverse read is optional.
My question to the community is how I can work around this issue.
Repository setup
nextflow.config
params {
manifest = null // csv file name,R1,R2?,index
outdir = "outs" // save output bams
}
profiles {
conda {
conda.enabled = true
process.conda = "star samtools"
}
}
main.nf
process MyProcess {
publishDir outdir, mode: "copy"
input:
tuple val(name), path(R1), path(R2), path(index)
path outdir
output:
path "${name}_Aligned.out.sortedByCoord.bam"
path "${name}_Aligned.out.sortedByCoord.bam.bai"
script:
R2_arg = R2.name == "NO_FILE" ? "" : R2
"""
STAR --readFilesIn $R1 $R2_arg --readFilesCommand gunzip -c \
--genomeDir $index --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
--outFileNamePrefix ${name}_
samtools index ${name}_Aligned.out.sortedByCoord.bam
"""
}
workflow {
MyProcess(
file(manifest).read().splitCsv(header: ["name", "R1", "R2", "index"]).map{it.R2 = it.R2 ?: "NO_FILE"},
params.outdir
)
}
Run
nextflow run main.nf [-profile conda] --manifest path/to/manifest.csv
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 374
- フォーク
- 73
- 平均マージ
- 15分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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