Example of aggregating file with associated metadata
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評価
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- ドキュメント
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
調査の方向性
Read the existing aggregation patterns and examples in the repository to see how they collect process outputs. Add a best practices example that aggregates file.txt outputs together with their meta values, and make clear how the example handles multiple values and special characters in metadata.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Currently, there is no example of aggregating files AND associated metadata. For instance, in many/most nf-core pipelines the process outputs are something like:
output:
tuple val(meta), path("file.txt")
...but what if one wants to then aggregate all of the file.txt outputs into one table AND include the meta metadata in that output table?
As far as I can tell from scouring the nextflow slack channel, one must "embed" the metadata in the file paths and then parse the file paths in the aggregation step. For example:
Per-file process:
output:
tuple val(meta), path("${meta}.txt")
Aggregation process:
input:
path("*")
script:
"""
[somehow parse {meta} from input file path]
"""
Is there a better way, especially given the substantial limitations of trying to embed metadata into a file path (eg., dealing with multiple values and special characters in the metadata values)?
I'm sure a lot of pipeline developers would like a best-practices example of how to deal with this situation (without having to decipher how meta is dealt with in aggregation steps of nf-core pipelines).
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 374
- フォーク
- 73
- 平均マージ
- 15分
- マージ済み PR（30日）
- 1
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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