dandi organize errors on zarr files
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評価
調査の方向性
dandi/organize.py の find_files から始め、organize と detect_link_type からの使用箇所を追ってください。拡張子に依存しない名前の Zarr ディレクトリを使って dandi organize を再現します; コマンドが None のソースパスに到達せず、dataset を正常に整理できれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
From the dandi-cli log:
>>> dandi organize path\\to\\data_1file_zarr
Traceback (most recent call last):
File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\cli\base.py", line 126, in wrapper
return f(*args, **kwargs)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\cli\cmd_organize.py", line 112, in organize
organize(
File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\organize.py", line 928, in organize
files_mode = detect_link_type(link_test_file, dandiset_path)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\organize.py", line 735, in detect_link_type
os.symlink(srcfile, destfile)
TypeError: symlink: src should be string, bytes or os.PathLike, not NoneType
This comes from find_files incorrectly returning an empty list.
Manually organizing the dataset was done with @CodyCBakerPhD and uploaded to DANDI Archive for reference.
Side note: Since users can name zarr directories whatever they want, with or without file extensions, I think it's important to not use the extension as useful context to the contents of the file. This always confused me about zarr.
- 主要言語
- Python
- スター
- 29
- フォーク
- 37
- 平均マージ
- 1日 10時間
- マージ済み PR（30日）
- 17
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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pynwb metadata: get neurodata types再び着手できるかも このイシューのプルリクエストはマージされずにクローズされました。 オープン
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`metadata.nwb.get_metadata()` validates the whole BIDS dataset for every NWB file, then discards the result対応中かも @CodyCBakerPhD が 11 日前に担当しました。 オープンBIDS performance
dandi/dandi-cli#1962 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 ·
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