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dandi organize errors on zarr files

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Valutazione

Difficoltà
3/5
Tempo stimato
1-2 giorni
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
python
Ambito
cli

Direzione di ricerca

Inizia in dandi/organize.py, in find_files, e segui il suo utilizzo da organize e detect_link_type. Riproduci dandi organize con una directory Zarr il cui nome non dipende da un’estensione; il lavoro è completato quando il comando non raggiunge più un percorso sorgente None e organizza correttamente il dataset.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

From the dandi-cli log:

>>> dandi organize path\\to\\data_1file_zarr

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\cli\base.py", line 126, in wrapper
    return f(*args, **kwargs)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\cli\cmd_organize.py", line 112, in organize
    organize(
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\organize.py", line 928, in organize
    files_mode = detect_link_type(link_test_file, dandiset_path)
                 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\organize.py", line 735, in detect_link_type
    os.symlink(srcfile, destfile)
TypeError: symlink: src should be string, bytes or os.PathLike, not NoneType

This comes from find_files incorrectly returning an empty list.

Manually organizing the dataset was done with @CodyCBakerPhD and uploaded to DANDI Archive for reference.

Image

Side note: Since users can name zarr directories whatever they want, with or without file extensions, I think it's important to not use the extension as useful context to the contents of the file. This always confused me about zarr.

Lingua principale
Python
Stelle
29
Fork
37
Merge medio
1g 5h
PR unite (30g)
20

Preparare l'ambiente

Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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