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dandi organize errors on zarr files

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Evaluación

Dificultad
3/5
Tiempo estimado
1-2 días
Aptitud para principiantes
35/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Bastante claro
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
cli

Línea de trabajo

Comienza en dandi/organize.py, en find_files, y sigue su uso desde organize y detect_link_type. Reproduce dandi organize con un directorio Zarr cuyo nombre no dependa de una extensión; el trabajo estará terminado cuando el comando ya no llegue a una ruta de origen None y organice correctamente el dataset.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

From the dandi-cli log:

>>> dandi organize path\\to\\data_1file_zarr

Traceback (most recent call last):
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\cli\base.py", line 126, in wrapper
    return f(*args, **kwargs)
           ^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\cli\cmd_organize.py", line 112, in organize
    organize(
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\organize.py", line 928, in organize
    files_mode = detect_link_type(link_test_file, dandiset_path)
                 ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "C:\Users\RBO\repos\mbo_utilities\.venv\Lib\site-packages\dandi\organize.py", line 735, in detect_link_type
    os.symlink(srcfile, destfile)
TypeError: symlink: src should be string, bytes or os.PathLike, not NoneType

This comes from find_files incorrectly returning an empty list.

Manually organizing the dataset was done with @CodyCBakerPhD and uploaded to DANDI Archive for reference.

Image

Side note: Since users can name zarr directories whatever they want, with or without file extensions, I think it's important to not use the extension as useful context to the contents of the file. This always confused me about zarr.

Lenguaje dominante
Python
Estrellas
29
Forks
37
Merge medio
1 d 5 h
PR fusionados (30 d)
20

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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